3月7日，邓兆祥在段苏权的邀请下，带领船上部分军官去往沈阳参观。邓兆祥的离舰，给战舰的防空、组织领导和指挥带来了极大的不利。

3月16日下午两点，天气暖洋洋的。就在这时，一架敌军民航飞机飞临“重庆号”上空。当时正值国共和谈期间，因此大家以为是国民党和谈代表所乘坐的客机，因此未予理会。然而出乎大家意料的是，这架飞机是伪装成客机的国民党侦察机。

17日上午10点左右，一架敌机以极快的速度飞临“重庆号”上空。原本，“重庆号”的防空兵准备用高射炮将敌机打下来。谁知舰船的通信却出现了大问题。“重庆号”原来的船员都在英国受训，通讯联络皆用英语。然而后来上舰的人，都听不懂英语，因此造成了指挥的混乱。

就这样，敌机低空越过船尾，向海面方向飞去。很显然，敌机已经确认了“重庆号”的方位，必将引来更多的敌机。因此领导们当机立断，决定将“重庆号”开往苏军控制的旅顺港。然而苏军此时没有与国民政府断交，为了防止国际纠纷，因此没有同意。

与此同时，“重庆”号还发现在葫芦岛以东海面，有两艘美军潜艇正以潜望镜监视我方的行动。在此情况下，“重庆号”只能停泊在原地，加强对空防御。

18日8点，敌军侦察机飞临重庆号。几分钟后，3架美式B-25中型轰炸机由右舷 135°侵入，先以 l 架吸引我高射火力，其他 2 架趁机由右后上空侵入投弹，平均每20分钟就轰炸一次。

在国民党飞机的弹雨之下，“重庆号”被炸得伤痕累累，雷达、船台都被炸坏。15点45分，一枚炸弹击中了战舰的计算室，室内的10位同志有9人受伤，4 英寸炮位的沈桂根、韩志铭被震死，第 5 号奥利根上的一名射手脚踵被炸去、另一射手史德基腹部受重伤（后牺牲于锦州医院)，右机关炮上的邱标胸部重伤(后牺牲于锦州医院)、彭立锯和应志昌眼被炸瞎，轮机兵刘芳圃被炸牺牲。

由于我军没有空军，又缺乏防空火炮，因此“重庆号”只能被动挨打。第二天，我方开了一个研究性会议，会上有人提出，应自行将战舰凿沉，这或许是保护这艘船的最佳方案。