可惜好景不长，不到一年后，“四边机制”便遭遇了重大挫折。一方面，金融危机爆发。另一方面，日澳政局发生变化。2007年7月，安倍晋三在大选中败给麻生太郎。同年12月，陆克文成为澳大利亚新总理。2008年，陆克文表示，考虑到“四边机制”对中澳关系的影响，澳大利亚决定退出“四边机制”，印度在不久后也宣布退出。自此，“四边机制”按下了暂停键。

在这一阶段，“四边机制”的合作范围比较小，主要聚焦于海上安全问题。而且各国担忧四边机制会恶化对华关系，所以“四边机制”在2008年按下了暂停键。虽然“四边机制”停止了，但是四国之间的双边、三边安全合作仍然在推进，这为“四边机制”后来的重启奠定了基础。

随着时间的推移，局势发生了变化。2012年，奥巴马提出了“亚太再平衡”战略，美国的战略重心逐渐转移到亚太地区。与此同时，安倍晋三再次当选日本首相，重拾其“民主菱形”构想。澳大利亚、印度也萌发了再次合作的想法。

2015年，日印澳举行三边战略对话。2016年，安倍晋三在第六次非洲开发会议（TICAD）提出“自由开放的印太”战略。2017年1月，特朗普当选美国总统。他将中国视为美国最大的威胁，提出了“印太战略”，决定加强与日印澳的关系，共同遏制中国。

2017年11月，四国于东亚峰会期间举行安全对话，并提出外交国防“2+2倡议”。此次对话，是四国外交官十年来的首次会晤。这次会晤，标志着“四边机制”的重启。此后，四国举行了一系列会议。