首先，东京在美国决定投放原子弹之前就遭到了美军的反复轰炸，从最早的杜立特空袭到1944年底开始进行的东京大轰炸，整个东京几近化为废墟，因此这里的工业能力已经彻底瘫痪，远不及当时拥有着吴海军工厂、毒气研发基地和日军陆军第二总军司令部的的军都广岛，以及拥有着佐世保海军基地的日本重要港口城市长崎。

其次，东京聚集着当时日本决策圈核心层次的一批人物。如果对东京投放原子弹，那么包括裕仁天皇在内的这一众战犯都将会被炸死。而对于当时的美国来说，在胜局已定的情况下，尽量将损失降到最小才是当务之急，而留下这批人将会有助于推进后续的投降谈判以及日本的战后重建。因此从人的角度来说，美国是不能够在东京投放原子弹的。

麦克阿瑟敲碎了日本天皇在普通民众心中的崇高形象

这其中还有一个老生常谈的说法，那就是裕仁天皇对于日本这个国家的重要性。在二战前的日本，天皇被视作是现世神，整个国家的愚民都将信仰集中在天皇身上。倘若从肉体上消灭了天皇，这些失去信仰的普通日本人会有怎样的举措还不得而知。而如果能够迫使天皇承认失败进而投降，那么遭受到的抵抗将会轻得多。这一点在麦克阿瑟后来对日本的改造中得以体现。

简而言之，东京在美国决定使用原子弹时，已经失去了被轰炸的价值，但是却又有着值得美军利用的价值，因此才能够逃过一劫。可惜的是，现在的日本对于为何会遭受原子弹的轰炸认识不足，对于上世纪上半叶的认知也异常匮乏。因此，虽然至今日本仍有人借口原子弹炸死了数十万平民以要求参加了两次轰炸行动的美军功勋飞行员查尔斯·斯韦尼对日本道歉，但是后者仍对此毫不后悔。