玄奘在慧琳、道整两个和尚的护送下，一路上风餐露宿，昼伏夜行，几日后到达瓜州（今安西）。瓜州刺史独孤达敬重佛法，听说玄奘法师来到，热情款待。此时凉州都督李大亮追访玄奘的公文很快也跟来了。他们对玄奘的身份产生了怀疑。一个叫李昌的官员私下将公文拿给玄奘看，并问道：“法师是不是此人？”玄奘迟疑着不敢作答。

李昌又说：“请法师说实话，如果你就是玄奘，我为你想办法。”玄奘只得如实相告。知道实情的李昌为玄奘的行动和精神所感动，当着玄奘的面撕掉文书，让他尽快动身。离开瓜州后，他为了避开官府的盘查，不敢公然行官道，却又必须依傍官道，以免遭迷路，但随时有遇到官兵的危险。

在瓜州以前，玄奘虽然也遇到了困难，但基本上还算是一路顺利。从瓜州开始，直到伊吾（今新疆哈密）之间的九百里旅途，才是玄奘西行求经最为艰难的一段。

瓜州最大的自然特点是沙漠和大风。玄奘告别李昌后，景况就很不妙了。首先，他来时所骑的马死了，从凉州来的两个僧人也相继离他而去，再加上前路艰难，没有人愿意冒险给他带路，玄奘心里一片忧虑。就在这时，有个胡人石磐陀愿意与他同行。可是这胡人并非忠实的路伴，进入沙漠后，因为畏惧，中途丢下玄奘，回去了。

无奈，玄奘只好一个人硬着头皮偷偷穿越五个烽燧，进入了八百里大沙漠——莫贺延碛大沙漠。在穿越中，他差点儿被守护的士兵射中。进入沙漠后，虽然没有官兵的威胁，但来自大自然的危险更恐怖。沙漠中独特的海市蜃楼现象，犹如鬼魅魔影，时时缠绕着玄奘，而遮天的大漠风沙不时从他身边裹挟而过。