鳌拜与阿济格、尼堪等率部排列至海截击之，明军大败而溃。松锦会战，关系明、清双方的生死存亡。自此以后，明朝势力更衰，败局已定。次年六月，鳌拜升为护军统领，成为八旗将领中具有较高地位的人物。

松锦大捷奠定了清军入关夺取全国统治权的基础。入关前后的鳌拜，依旧战功赫赫，升迁频频。

西充之战

入关以后，鳌拜主要的任务是追击农民军。顺治元年(1644)十月，鳌拜随靖远大将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。

李自成被迫放弃西安，退往湖广。阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。

顺治二年(1645)六月，李自成于湖北九宫山遇害，大顺军瓦解。清军前后共陷河南、湖广、江西、南京等地六十三城。

打垮李自成，清军开始对付大西军。顺治三年(1646)正月，鳌拜随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。

清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲。大西军抵挡不住而溃败，张献忠也于此役中被杀。

清军击破大西军营垒130余处，斩首数万级，获马骡牲畜12200余匹。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。

大西军余部在孙可望、李定国率领下退往云贵地区，继续抗清。击破大西军，鳌拜实居首功。