失去自由的杨勇也曾苦苦反思着自己的过去，究竟做了什么对不起党和人民的事情，以求找到被审查的原因。反思的结果，却是使他从怀疑自己变成了坚信自己，由不安变成了坦然，他感到问心无愧，同时又对自己的无端被拘和长期关押充满困惑。他并不担心自己的处境，他相信太阳终有出来的一天，他在囹圄之中抗争着，期待着……

1969年4月1日，中国共产党第九次代表大会在北京召开，毛泽东在讲话中提到了杨勇：“……有些地方对干部就是揪住不放，有些人将来还是要工作的，群众理解了，就解放他们。北京的杨勇是怎么回事？……这些人总还是有功劳的吧……”

4月28日，“九大”结束了。5月14日周恩来总理向党政机关人员口头传达了毛主席在会议上的几次讲话，其中就包括关于杨勇的内容。

然而，身陷囹圄的杨勇是不会知道这些情况的。他惟一可以感受到的却是近来专案组对他的态度更蛮横了，逼供得更紧了。

在以后找到的一本杨勇专案组的工作记录上关于这一阶段的专案工作有这样一段具体指示：“在毛主席没有做出新的指示之前，继续按敌我矛盾整，一定要尽快整出个结果来。”后来，一位专案组成员在揭发材料中写道：“……1969年7月以后，他们(指林彪一伙在北京军区的追随者)看到形势对自已越来越不利，进一步加紧了对杨勇同志的迫害，决心要在1969年底以前攻下来。在这种情况下，他们要我到‘杨组’加强力量……”

造反派千方百计诱逼杨勇自杀。桌上摆着绳子和整瓶的安眠药。有人暗示说：“受不了，你可以死嘛”

黎明前的黑暗期冀着曙光，但它又被最浓重的黑雾所蒙蔽，所以最显严酷。杨勇正是在这种黑暗中受着煎熬。清早，杨勇就被押着到田里劳动；晚上，专案组搞疲劳审查，整宿的轮番审讯，彻夜无眠。杨勇被关的地方四周全是稻田，蚊虫特别多。他们既不允许杨勇夜里关纱窗，也不允许挂蚊帐，还把一个200瓦的大灯泡放在杨勇的头顶上，一天24小时亮着，妄想用困倦、蚊咬、灯烤、饥饿、干渴、罚站等精神和肉体上的折磨配合他们疲劳审讯，来摧毁杨勇的意志。