1937年7月13日，高敬亭与中共皖鄂特委书记何耀榜，根据中共中央的指示，毅然决定与国民党鄂豫皖边区督办公署进行停止内战，共同抗日的谈判，史称“岳西谈判”。

谈判历时13天，分为南田接触，衙前初议，青天谈判，九河签字，土门集中五个阶段，最终达成协议。7月28日，高敬亭化名李守义以红二十军政治部主任的身份，前往和平九河亲自参加和谈签字仪式。这次谈判是在统一战线尚未建立之前进行的，在南方8省14支游击队中，最早同国民党进行谈判，并达成协议的成功谈判。

1937年12月25日，叶挺、项英在武汉召开新四军军部成立大会。12月27日，高敬亭应召赴汉口八路军办事处，参加中共中央长江局召开的关于部队改编的会议。会上，周恩来副主席对红二十八军和鄂豫皖根据地人民在十分艰苦的条件下坚持敌后斗争的功绩，给予了高度评价，表彰了他们为中国革命事业做出的重大贡献。

周恩来代表中共中央宣布鄂豫皖红二十八军和鄂豫边桐柏山红军游击队合编为新四军第四支队，由高敬亭担任第四支队司令员。当时，红二十八军是南方8省14个游击区中保存人枪最多的部队，高敬亭对人事安排有看法，对项英等个别领导人心存不满，但他还是服从了组织的决定。

1938年2月中旬，红二十八军在七里坪改编成为新四军四支队，高敬亭任司令员兼政委、参谋长林维先、政治部主任萧望东（后来是戴季英）后勤部主任吴先云。四支队下辖支队部、七团、八团、九团和手枪团共3100余人，是新四军4个支队中建制最整齐、人数最多、装备最强的支队。

1938年春，日军第六师团坂井支队从芜湖北渡长江，先后占领和县、含山、巢县，国民党第五战区的第二十一、二十七集团军闻风丧胆，向西撤退，地方政权垮台，百姓四处逃难，华北战局处子危急之中。高敬亭正在生病期间，立即率手枪团和后方机关偕已有身孕的夫人来到舒城西港冲指挥部队作战。

四支队迅速展开，七团、八团进驻无为地区，九团、支队部进驻巢县地区，手枪团、后方机关也积极寻找战机，伺机打击日军。日军攻占巢县后，除留下守备队，主力继续向合肥进攻。巢县守备队经常派小队日军下乡抢掠，巢县城东南5公里蒋家河口是敌人乘船常去的地方。高敬亭利用该地河道纵横，芦苇丛生，地形复杂的堤埂设伏，打了一个大胜仗。