其间，有一份报送中央领导的相关材料是由王毅起草的。看似一篇官样文章，却被王毅写出了名堂。一般情况下，据说外交部送到这位领导手里的稿子，返回来时总会被他修改得“一片红”。但王毅起草的这篇稿子，返回来时，领导只修改了两处。

这很少见。据知情者透露，这位中央领导还在这篇稿子上批示：“此稿写得很好！”

在外交部工作期间，王毅在南开大学获得了世界经济专业经济学硕士学位，又在外交学院攻读博士学位。他还曾以访问学者的身份到美国乔治敦大学学习。

在外交部，一些老干部对王毅的印象是：思维活跃、知识面广，能吸收借鉴学界的新理论、新观点，勇于承担责任并善于与媒体沟通。从美国回来后，王毅担任外交部部长助理，自此进入部领导行列。

2001年，王毅出任外交部副部长，从科员到副部长，他只用了19年的时间，所经历的每个职位几乎都创下了“外交部该职位最年轻的纪录”。

在知天命的年纪，王毅迎来了一次关键任命。2004年8月，中国第十次驻外使节会议上，政治局九名常委悉数出席，当时上一任驻日大使武大伟已经归国，而有心人从新闻画面里发现，刚被免去外交部副部长职务的王毅坐在台下。

随即，外交部证实：王毅出使日本。《中国新闻周刊》当时报道称，51岁的王毅被寄希望于发挥已故中日友好协会会长廖承志的作用。