12月29日，博克多格根在库伦登基，“蒙古喇嘛教的大主教哲布尊丹巴呼图克图，在一个布满符咒和神怪偶像的仪式中，登上了一个新的大蒙古国‘神圣皇帝’（博克多汗）的宝座”，[23]史称“博克多汗国”，后自称“日光皇帝”，汗号“额真汗”，年号“共戴”。以曾赴俄乞援的达喇嘛车林齐密特为内阁总理大臣，主持政务，内阁下设内务、外务、财政、兵、刑五部。

此独立未被当时清朝政府和后继的中华民国政府承认。八世哲布尊丹巴呼图克图·阿旺垂济尼玛丹彬旺舒克在俄国支持下宣布“独立”后，库伦蒙军5千余人，由伯颜帖木林·海山，马克思尔扎布、丹毕坚赞（黑喇嘛）及惠斯列克·达木丁苏荣等人带领下派兵西侵乌里雅苏台和科布多。

外蒙古各旗札萨克未加抵抗，乌里雅苏台将军被押解出境，只有科布多的杜尔伯特汗噶勒章那木济勒不独立，照旧听科布多参赞大臣节制。1912年，马克思尔扎布率外蒙古、俄国联军攻陷科布多城，前清守军仅300余人。民国驻疆汉军都督府曾东援，因被阻击而未成。苦战数月，力不支，城破，科布多全境陷落。城中除蒙古人以外所有平民被民族灭绝，末任科布多参赞大臣溥钅闰（ruàn）及驻防清军七百余人被蒙古军押解出境。

中华民国成立后，北京政府拟派兵入外蒙，遭到沙俄的反对。由于当时国内局势不稳，故袁世凯北京政府并未就外蒙古问题与沙俄进行交涉，只是一再宣告：“外蒙古是中华民国领土”。沙俄尚没有立即公开吞并外蒙古的打算，担心马上吞并会引起国际干涉。外蒙改为“自治”。

1912年11月3日俄国前任驻华公使廓索维茨在库伦与外蒙“内阁总理大臣”那木囊苏伦签订《俄库条约（俄蒙协约）》及《俄蒙协约专条》，俄国以支持蒙古自治换取在外蒙享有排他性商业地位，对中国在外蒙主权只字未提，引起中国不满。[27][29]11月18日，共戴蒙古国外务部照会法国、英国、德国、美国、比利时、日本、丹麦、荷兰、奥匈帝国外交部，要求各国承认其“独立”。

1913年9月18日，俄国当局迫使袁世凯执政的北洋政府派中国外长孙宝琦同俄国驻华公使库朋斯齐达成《中俄声明文件》，其内容对华更为不利。中国让步，不在外蒙驻兵、殖民、设官，承认外蒙自治，承认《俄蒙协约》及其专条，换回俄国承认中国在外蒙的宗主权，基于宗主权而衍生出俄国承认外蒙古为中国领土一部分。

中国对蒙权力已由主权沦为宗主权。