惊闻！IS领袖被证实已击毙，竟牵扯出骇人内幕
他注意到美国入侵伊拉克带来的灾难性安全真空，所以流窜到伊拉克，建立了地方暴动组织，与美军和其他西方联军作战。
他与躲藏在阿富汗和巴基斯坦的拉登和扎瓦西里取得联系，对他们说，请允许我在伊拉克以“基地”的名义行动，他名声很差，拉登和扎瓦西里不愿与他发生联系，但他们没有太多的选择，因为他们仍然需要被关注，而此时却处于逃亡状态，所以他们勉强授权给扎卡维在伊拉克以“基地”的名义行动，我们称之为AQI（al-Qaidah in Iraq，伊拉克基地）。
但很快地，AQI与“基地”的关系也恶化了，因为它极端暴力，见人就杀，包括其他穆斯林，尤其是什叶派穆斯林，因为根据逊尼派伊斯兰的严格教义，什叶派不是真正的穆斯林。它杀害的穆斯林远远多于西方士兵。有一封信是扎瓦西里写给扎卡维的，他说，你能不能冷静一下，不要见谁都杀，你给“基地”带来了坏名声。扎卡维最终在2006年被美军杀了，2007年美军大量涌入伊拉克，成功将AQI暴动重新置于掌控之下，至少它转入了地下。
直到2012年，AQI以ISIS的名义在叙利亚重现，由神秘的阿布·巴克尔·巴格达迪（Abu Bakr al-Baghdadi）领导。在意识形态上，ISIS与“基地”有着相同的思想背景，但他们之间有非常大的不同。
