1995年，一个叫阿布巴卡尔·拉万的宗教人士创立了一个名为“穆斯林青年组织”的温和宗教团体。2002年拉万到沙特阿拉伯进修，默罕穆德·优素福接任“穆斯林青年组织”的领导人，并依靠个人魅力形成了一股名为“优素福派”的势力。

2002年-2009年，优素福逐渐变得更加激进，他开始对2001年后世界范围内出现的伊斯兰圣战持赞同的态度，甚至要将自己塑造成“尼日利亚北方传播圣战萨拉菲主义意识形态的先驱之一”，他还整合了一些具有极端思想的组织和个人（阿布巴卡尔·谢考就是在这个时候加入“博科圣地”早期组织的）。最终“优素福派”演变为“博科圣地”早期雏形。

“博科圣地”的势力集中在尼日利亚东北部，发展初期其实与地方政治势力有复杂关系，优素福的本意也未必是和中央政府直接干仗。

由于思想日益激进，“博科圣地”早期组织与尼日利亚政府的关系也在恶化，并最终在2009年演变为一场迈杜古里“大起义”。

这场“大起义”起因是因为当地交通部门试图阻止一部分“博科圣地”成员去参加一场葬礼，因为根据当地法律规定，骑摩托车必须带头盔，但是“博科圣地”成员认为，摩托车头盔影响了他们的宗教头饰，坚持不带头盔。这其实是双方矛盾长期累积激化的结果。

“博科圣地”成员与当地警察和准军事组织人员发生武装冲突，并演变为一场骚乱。骚乱主要发生在尼日利亚北部的博诺州和包奇州（这两个州现在仍然是极端组织活跃的地区）。

在这场骚乱中，尼日利亚府军警和准军事组织打死至少700至1000名“博科圣地”成员，并逮捕了优素福，随后在迈杜古里警察局外的广场上将其处决（尼日利亚政府不承认杀死了优素福）。尼日利亚政府的武力镇压和优素福的死激起了“博科圣地”成员及周边受其影响的社区愤怒，“博科圣地”更加极端化。