在优素福死前，就已经任命阿布巴克尔·谢考为“博科圣地”二号人物。优素福死后，谢考正式继任该组织最高领导人职位。此外，包括优素福儿子在内的一批“博科圣地”高层领导人逃出尼日利亚。相较于优素福，谢考更加极端、更加残暴，在组织内部也更加独断专行，这也为“博科圣地”日后的几次分裂埋下了伏笔。

2011年，利比亚卡扎菲政权崩溃后，国际极端组织“马格里布基地组织”将大量的武器装备和经验丰富的战斗人员流入尼日利亚，增强了“博科圣地”的实力。此外还有许多2009年逃往国外的“博科圣地”成员也开始回流尼日利亚，这些人引起了“博科圣地”分裂。

利比亚陷入混乱和内战，导致武装泛滥并外溢，南方相对富足但又民族矛盾、南北关系严重的马里和尼日利亚，都成为这一波武装外溢的受害方。

例如，2011年8月，“博科圣地”武装分子袭击了位于阿布贾的联合国机构驻尼日利亚的大楼，造成重大人员伤亡。这是“博科圣地”首次袭击国际目标。但是坚持“本土圣战”路线的谢考并不赞同这次袭击。

2009年“大起义”后，早期“博科圣地”的两名重要领导人哈立德·巴尔纳维（Khalid Barnawi）和阿布巴卡尔·亚当·坎巴尔（Abubakar Adam Kambar）逃出尼日利亚，并在阿尔及利亚接受了“马格里布基地组织”的训练和指导。

西非的撒哈拉沙漠南北其实存在着极端组织交流通道，武装分子在众多三不管地带之间来回游走“学习”，当然，其背后也有各种各样的势力支持。

这些“博科圣地”早期成员回到尼日利亚后，对谢考的领导风格和战术不满，并批评谢考领导下的“博科圣地”对穆斯林平民的杀戮。此外，他们还对谢考领导下的“博科圣地”偏向于他自己的族群——卡努里人感到不满。他们都是富拉尼人。

他们最终率领部分“博科圣地”成员（主要是富拉尼人）脱离该组织，另组一个名为“安萨鲁”（Ansaru）的组织。“安萨鲁”组织宣布效忠“基地”组织。这是“博科圣地”的第一次分裂。

可见相比于路线之争、宗教之别，族群冲突才是头等大事，即使在恐怖组织内部也不例外。