雅南猪虽品种优良，但也存在着生长周期慢、肥肉率高的问题，在现代养殖企业成本与效率的竞争面前，根本拼不过通过精心育种培育出来的进口猪。到2007年，雅南猪种群数量仅剩下二百多头，成为了比大熊猫还濒危的物种，一旦染病就将彻底绝种。令人担忧的是，雅南猪的困境并不是个例，时至2016年，我国90个地方猪种中，虹桥猪、雅阳猪、平潭猪等8个本土品种已经彻底灭绝，另有29个品种和雅南猪一样处于濒临灭绝的状态。