而后，恐怖主义成为横亘在两国之间的又一道鸿沟。“巴基斯坦塔利班”（巴塔）内有大量普什图人，他们常年利用“杜兰线”山地易隐藏的优势，穿梭于两国边境，在巴基斯坦境内制造大量恐袭事件。巴基斯坦政府将阿富汗政府视为巴塔的后盾，要求阿方彻底铲除该组织；阿富汗塔利班政府则否认与巴塔有任何关联，称其无法完全控制边境地区的武装势力。这种信任缺失，让两国关系长期处于紧张状态。2025年，巴阿冲突陡然升级。

8月，巴基斯坦境内发生143起武装袭击事件，较7月激增74%，单月死亡人数创下2014年以来新高，其中绝大多数与巴塔有关。10月9日，忍无可忍的巴基斯坦出动战机，对阿富汗首都喀布尔进行空袭，目标直指巴塔头目努尔·瓦利·马哈苏德。阿富汗方面则指责巴方此举是“越境侵略”，两国关系瞬间剑拔弩张。

更让巴基斯坦感到危机的是，10月10日，阿富汗外长穆塔基访问印度，这是阿富汗塔利班自2021年重新执政以来对印度的最高级别访问。访问期间，印阿发表联合声明，强调“尊重彼此主权和领土完整”。在巴基斯坦看来，这份声明暗含深意——印度是否借此支持阿富汗否认杜兰线？阿富汗是否在克什米尔问题上向印度示好？这种地缘政治的变化，让巴基斯坦产生了被“两线夹击”的担忧，也成为冲突进一步升级的导火索。