遮挡发动机雷达反射的进、排气系统的设计难度很大，且飞机机体长度将会更大，高度更高，除了隐身不易实现外，还会带来采购成本高，燃油消耗增加等缺点。

二是采用变循环发动机，这种发动机能带给飞机在不开加力超声速巡航、不同工况下燃油经济性最优、隐身性能较好等特点，将大幅提升飞机性能。因此轰-20隐身战略轰炸机如何选择动力系统时，除了取决于作战需求与技术难度外，还要考虑效费比。

关于轰-20隐身战略轰炸机的载弹量，同样也是一个值得关注的问题，美国五角大楼在《2023年中国军力报告》中并没有明确这一点。坊间则对此有多种说法，如应不低于15吨，应大于20吨，至于目的则在于确保轰-20隐身战略轰炸机具备充足的打击能力。此外则是轰-20隐身战略轰炸机搭载的弹药种类，除常规炸弹、制导弹药、巡航导弹及核弹外，或许还将搭载空射高超声速导弹。

这里面需要注意的是挂载方式，如果挂载至内置弹舱中，自然再好不过，反之若挂载在机翼下方，将会对轰-20的隐身性能有所影响。除了在弹药小型化上取得突破外，我国科研人员还可以从轰-20隐身战略轰炸机的内置弹舱设计中入手，通过提高冗余度加以解决。