在三种特殊情形下，驻港国安公署可对危害国家安全的犯罪案件行使管辖权。具体包括：案件涉及外国或境外势力介入的复杂情况，香港特区管辖确有困难;出现香港特区无法有效执行香港国安法的严重情况;或出现国家安全面临重大现实威胁的情况。

“香港国安法”规定，驻港国安公署人员由中央人民政府维护国家安全的有关机关联合派出，包括“四大职责”，即分析研判香港特别行政区维护国家安全形势，就维护国家安全重大战略和重要政策提出意见和建议;监督、指导、协调、支持香港特别行政区履行维护国家安全的职责;收集分析国家安全情报信息;依法办理危害国家安全犯罪案件。

选址

作为中央驻港第四机关的驻港国安公署，选址此前一直没有对外披露，香港媒体对此有诸多猜测，有港媒介绍，以往中央驻港机构都会在港另觅地点，以中联办为例，初期使用的是新华社位于湾仔的旧址，后于2001年买入并迁到由招商局兴建的西港中心。

鉴于特区政府拨地及起楼需要一段时间，有港媒猜测公署可能选择临时办公室，又考虑到公署运作讲究保持高度机密，临时选址可能会着重考虑符合严格安保条件的现有设施。

全国港澳研究会副会长刘兆佳此前曾表示，英美等国家的安全机构都有独立办公大楼，选址全部靠近政府机构核心，预计驻港国安公署总部很有可能在市区选址。

刘兆佳还驳斥了那些认为公署在市区选址可能引人注目，甚至引来示威的“意见”，国安公署肩负维护国家安全重责，行事光明正大，不需要遮遮掩掩，新大楼位于社区正可以发挥震慑作用。