美国学者肯尼思·波特在其专著《解密日本细菌战历史：军医中将石井四郎的故事》中写道，以驻日盟军最高统帅部指挥官麦克阿瑟将军为代表的美国政府，密谋掩盖石井四郎罪行并设法保护他，尽管美国收到了有关幸存者对石井四郎行为的准确报告，并且审问过石井四郎很长时间，也很清楚他的所作所为，但美国政府还是对这一切秘而不宣，以此换取生物武器部署和使用的研究资料。

美国长期从事细菌战研究的专家谢尔顿·H·哈里斯一直想证明，美国政府有意隐瞒石井四郎指挥日军在中国犯下的罪行，他在《死亡工厂》一书中披露了核心证据——《希尔报告》中有这样一段记载：“收集到的证据信息对我们开发细菌战十分珍贵。这是日本科学者花费数百万美元和数年时间的研究成果……通过人体实验获得这种信息的方式将备受良心的谴责，我们实验室是万万做不到的。为了拿到这些数据共花费了25万日元，与实际研究成本相比，只是花费了如此低廉的价格就获得了珍贵的资料。”

“这段描述是美国庇护731部队免遭东京审判的书面文件，从事件的过程和最后的结果来看，美国确实达到了单独占有731部队生物战和人体实验情报资料的目的。”杨彦君说，美国获得这些数据资料后，加以利用，进行了生物武器研究，德特里克堡战后能快速发展壮大乃至现在成为美国军方唯一的P4生物实验室，731部队“功不可没”。

双重标准

波特在查阅美军档案后写道，731部队用人体做实验的这种滔天罪行恐怕只有德国纳粹军医门格勒博士之流才能想得到，而门格勒做梦也想不到，石井四郎居然可以完成生物战，并逃脱审判。

杨彦君介绍，美国主导了二战后的东京审判和纽伦堡审判，围绕“医学犯罪”案件奉行了一贯的“双重标准”，严重玷污了东京审判的公正性和权威性，践踏了法律至高无上的尊严。在东京审判上，731部队成员在美国庇护下没有人成为被告；而在纽伦堡审判上，23名纳粹德国医生因实施“人体实验”，被指控犯有“危害人类罪”成为被告，其中7名纳粹医生被判死刑，9名纳粹医生被判10年徒刑至终身监禁不等。

谢尔顿·H·哈里斯在《死亡工厂》一书中记述：“实际上，美国国务院的态度是，只要不给美国带来麻烦事留下文字记录，就可以继续与石井四郎等进行交易。”美军也极力掩盖这一交易，在位于马里兰州的美国国家档案馆Ⅱ馆有一份名为“石井四郎卷宗”档案，有明确保密说明：“未经陆军部负责情报的副参谋长办公室许可，不得移用本档案中资料。”

“问题的核心是731部队没有将美国战俘用于实验，所以交换变得肆无忌惮。”杨彦君说，1945年5月，美军B29轰炸机空袭日本福冈县久留米市被日军击落，11名机组人员中8人被移送九州帝国大学医学部活体解剖，1948年横滨法庭对参与“活体解剖”者进行判决，被判绞刑3人、无期徒刑2人、有期徒刑9人。