而菲律宾也在不停地增加在黄岩岛的军事存在，4月17日，菲律宾护卫舰艾德萨号挂白旗进入黄岩岛海域。

4月22日，为了缓和局势，展示诚意，中国主动撤出了部分船只。但菲律宾方面认为是中国方面害怕了，于是更加嚣张，并4月23日，菲海军另外两艘战舰和一架反潜机赶往黄岩岛海域，25日中断了双方就黄岩岛问题的谈判，他们要用武力解决问题了。

但不管菲律宾方面再如何狡辩纠缠和展示武力，已经无路可退的中国，这次也是铁了心要实现对黄岩岛的实际控制，针对菲律宾增加军力的举动，外交部宣布中国方面已经制定针对黄岩岛的各种应对措施，中国海军也已经做好了应对局势恶化的准备。

5月3日，中国在黄岩岛的各类船只已经达到了14艘，力量已经远在菲律宾之上。针对中国的措施，菲律宾方面表示，如果中国开火，那么菲律宾将撤出黄岩岛，有机会了再返回。

5月6日，菲律宾下令清除黄岩岛上的所有非菲律宾的标识，还给黄岩岛改了个名字，叫什么“帕纳塔格礁”的，不但拗口，而且也没有人认可，因为他说了不算。

5月10日，中国在黄岩岛的各类船只已经增至34艘。

这期间，双方的船只在黄岩岛附近进行了多次交锋，除了中国的公务船，中国的渔船也参加维护中国固有领土黄岩岛的行动，让菲律宾的船只疲于奔命。结果就是，菲律宾的渔船再也不能进入黄岩岛海域了，黄岩岛被中国实际控制。

6月，为了更好地实现对南海的管辖，中国宣布设立三沙市，管辖西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛的岛礁及其海域，而黄岩岛，就归三沙市管辖。

至此，被菲律宾强占了15年的黄岩岛，终于回到了祖国的怀抱。