天子孝行有亏，臣子劝谏责无旁贷，而臣僚们的这些言行更激起光宗的固执与疑惧，终于引发历时数年的过宫请安风波。

在过宫请安的问题上，有些大臣对光宗的进谏，晓之以情、动之以理，光宗有时也似乎被打动，当时答应了过宫。但一入后宫，就会在李氏操控下改变主意，最终也未能成行。一次，光宗在谢深甫等大臣的苦谏下，传旨过宫，即将出发之时，李氏从屏风后走出来，挽他回去，中书舍人陈傅良出班，拉住光宗衣襟，一直跟随至屏后。不料却遭到李氏的呵斥，陈傅良只得大哭而出。宗室赵汝愚是光宗较为信任的大臣，对于他的劝说，光宗也是反复无常。

光宗病情不断加重，李氏负有不可推卸的责任。她生性妒悍，又有着强烈的权力欲。一方面，她独霸后宫，不允许宫中任何女人与她争宠，光宗对此只有忍气吞声，抑郁不乐；另一方面，她视孝宗夫妇为她皇后地位的最大威胁，想方设法离间孝宗、光宗父子，从很大程度上加剧了光宗的病态心理。

随着光宗病情的恶化，政局也开始动荡不安，群臣再也无法容忍这个疯子皇帝。绍熙五年（公元1194年）七月，赵汝愚、韩侂胄等人，在太皇太后吴氏的支持下，拥立嘉王赵扩登基，是为宋宁宗。宋宁宗登基后，尊光宗为太上皇，皇后为寿仁太上皇后，移驾泰安宫。

宋光宗此时对政权交接尚蒙在鼓里。当他知道后，长期拒绝接受儿子宁宗的朝见，依然住在皇宫之中，不肯搬到为太上皇预备的寝宫里，他对于失去皇位的担心终于应验，病情因此又加重了。

与他一同失势的李氏，一反常态，对光宗不再像以前一样，咄咄相逼，反而有同病相怜之心。她惟恐触动光宗脆弱的神经，常以杯中之物，来宽解光宗心中的郁结，还反复叮嘱内侍、宫女，不要在光宗面前提起“太上皇”和“内禅”等敏感字眼。

庆元六年（公元1200年）八月庚寅日（9月16日），宋光宗又患病了，八月辛卯日（9月17日），宋光宗在寿康宫去世，享年五十四岁，随后葬于永崇陵。十一月丙寅日，上谥号宪仁圣哲慈孝皇帝，庙号光宗。

明末思想家王夫之评论：“夫光宗之视晋惠，差辨菽麦耳，其于唐高，犹在层累之下也。”“光宗虽闇，亦何至灭绝天彝，贻宗社以阽危之势哉？教之无方也，辅之无人也，俟之不待其时也，昏懦之习不察也，悍妻之煽无闻也。”