当然，作为中国最好的导航系统，自然会被拿来和GPS进行比较。GPS的卫星遍布全球，轨道均匀分布，距离地面2万公里以上。而北斗的卫星则分布在多个轨道面里，摄动力建模难度极大。一般认为，作为后来者，中国无法占有太空中最佳的位置，因此退而求其次，选择创新的卫星轨道模型来建设导航系统。

同时，北斗系统的铷原子钟要比GPS的铯原子钟逊色一筹，再加上中国也没有像美国那样遍布全球的导航系统观察站，来帮助卫星进行准确度的校正，因此相对于GPS来说，北斗系统总体是不如的。

不过，这只是目前的情况，北斗系统的潜力还未挖掘完毕，比如说，北斗3号将会使用性能超过铯原子钟的氢原子钟，相关机构也在逐步推进北斗系统的普及，许多车辆和船只上都被要求安装兼容GPS和北斗的设备，来帮助驾驶员判定自己所在的位置。

北斗导航系统在军事上的意义也非同小可，许多导弹在发射后，想要命中敌人的话必须要有导航系统的辅助帮助判定敌人所在的位置才行。如果将自己的导弹都撞上外国的导航系统，那么风险无疑是巨大的，而北斗系统则会让中国不再面对这样的风险。总的来说，随着太空探索的推进，北斗系统将会越来越出色，而中国的也将会通过它和世界进一步融合。