这种自由体现在两个方面：

第一、侵略战争残酷的教训表明，如果政府过多介入学术层面，很容易使其沦为帮凶。因此，即便学术会议使用的是国家财政预算，但人事决定权仍在本部一方，政府不得以任何理由干预人选，仅仅在形式上参与任命。

根据《日本学术会议法》第7条和17条之规定，新成员由日本学术会议会员基于投票机制推荐，由内阁总理大臣根据日本学术会议的提名任命委员。

也就是说，学术会议把任免名单交给政府，后者只有百分之百的同意，不能篡改更不能否决。

这是日本学术会议能常年保持左翼立场的关键因素。

第二、为彻底铲除一切可能右倾的因素，日本学术会议早年禁止军事研究。可以明显看出，工科技术类除了决定科技上限的基础科学研究外，都集中于民生领域，比如农学、医学和工程技术类。

10月1日，学术会议向政府提交新一届会员名单，共105人。按照流程，首相只需批准即可。但菅义伟只批准了99人，剩余六人被踢出名单。理由是：根据综合性俯瞰性判断，此六人不具备会员资格。

但真实情况却是，未被批准的六位学者都是常年反对自安倍时代以来，政府推行的具有右倾主义和扩张主义政策的日本学术界左翼领军人物——

小泽隆一：东京慈惠会医科大学宪法学教授，他坚决反对通过强行立法的形式，让日本重新获得具有参加对外战争及发动对外战争的权利。在2015年众议院就《安全保障关联法》进行右倾化修改时，作为专家与会的小泽教授强调：在宪法第九条之约束下，不论是个体还是集体，或者为了行使自卫权而使用战争或武力手段，都需要禁止。

芦名定道：京都大学近现代基督思想学教授，立场鲜明的支持“反对安全保障关联法学者学会”。

宇野重规：东京大学政治思想史教授，日本著名民主主义政治研究者，六年前日本政府开始有突破和平宪法的迹象时，他曾号召宪法学、政治学、历史学等多个人文社科类学者成立维护和平宪法自卫权不受改变的“立宪民主协会”。2015年，安倍晋三政府强行通过安全保障关联法后，又成立“反对安全保障关联法学者协会”。