傅连璋当天便被火化了，半点骨灰都没有留下，火化登记表上没有姓名，只有一个囚犯的号码。他到死还在要求见毛主席，在迷惑与悲愤中走完了他自己的一生。他是“文化大革命”中关押在秦城监狱的中第一个含冤而死的高级干部。

1973年11月，经毛主席批示，并经解放军总政治部批准，追认傅连璋将军为革命烈士。1975年5月17日，贺诚给毛泽东写信反映受林彪迫害没有工作的情况，毛泽东给他回信，信中有“傅连暲被迫死，亟应予以昭雪”等语。周恩来获悉后，指示为傅连暲平反、恢复名誉。

1975年5月17日，毛主席在傅连璋的战友、原卫生部部长贺诚的一封信上批示：“……傅连璋被迫死，亟应予以昭雪。贺诚幸存，傅已入土，呜呼哀哉！”此后，周恩来也作了重要批示，对他进行了赞扬和肯定，经中央军委批准为傅连璋将军和夫人陈真仁平反昭雪，恢复名誉。。7月17日，中央军委转发毛泽东圈阅后的《关于傅连暲同志恢复名誉的报告》。

傅连璋所著《我热爱自己医生的职业》

9月20日，解放军总后勤部为他举行了隆重的安灵仪式。党和国家领导人陈云、聂荣臻、徐向前、谭震林、王震、余秋里等出席了安灵仪式并赠送花圈。一面庄严、鲜红的党旗覆盖在没有骨灰的傅连璋将军骨灰盒上。1978年8月13日，新华社发布为傅连暲平反昭雪的消息。粉碎“四人帮”的第二年，也就是1978年11月22日，总后勤部在北京首都体育馆召开万人大会，为傅连暲公开平反昭雪，恢复名誉。