他的起义军，则开始像强盗一样在长安街头杀人越货，抢男霸女。或许他们本来就是明火执仗，肆意妄为的强盗。在黄巢的统治下，老百姓连基本的农耕作业都已无法进行下去，相当一部分地区出现了“赤地千里”的景象。

随之而来，黄巢的本性也开始以一种极端的方式显露出来。有人题诗讥讽黄巢当了皇帝后，开始变得昏庸残暴。黄巢立刻组织人去查其作者，但是没有查出来，于是黄巢索性把长安城中三千多无辜的儒生砍了头；随着唐军的反攻，长安被唐军占领。但没几天又被黄巢夺了回来，对于长安的失而复得，黄巢却大光其火，他将之前的那次失利归罪于普通的长安平民，这个曾经被长安市民夹道欢迎的“率土大将军”，举起屠刀，血洗长安，将城中八万余名男丁杀戮殆尽。

当黄巢于中和三年（公元883年）四月再次被赶出长安后，率部出蓝田入商洛山。五月，黄巢派左军中尉孟楷为先锋进攻蔡州（湖北枣阳），唐节度使秦宗权战败后投降齐军，孟楷随即由蔡州移师转攻陈州(今河南淮阳)。

陈州刺史赵犨是唐朝的著名将领，本人多次参加过围剿黄巢的战斗，是大齐军队的夙敌。赵犨担任陈州刺史后，就对部下说过：“黄巢若不死在长安，必定向东走，陈州是他必经之路，不可不防。”看得出，他刚上任就已预见到黄巢的失败，并进行了相应的部署。

孟楷刚入陈州境内，赵犨趁其不备，果断出击，齐军大败，孟楷被俘。赵犨为表示与黄巢绝不妥协的决心，命人将孟楷斩首。孟楷是最早追随黄巢起义的重要将领，素为黄巢宠信。黄巢异常悲愤，立即与秦宗权合军将陈州团团围住，并“掘堑五重，百道攻之”，大有不拿下陈州决不罢休之势。

赵犨刚任刺史之时，就一直不断地修筑城堑，积蓄粮草，缮治兵器，在黄巢到来之前，就采取了坚壁清野的策略，将方圆六十里内的居民迁入城中，同时募集大批勇士，由其弟和儿子分头统领，加固城防。赵犨对陈州保卫战的准备工作做得非常细致和到位，因此，黄巢攻打陈州受到了很大的挫折。

黄巢见自己带着几十万大军，却连小小的陈州都攻不下来，非常生气，干脆在陈州城下扎起营寨不走了。竟在陈州城下建起一座类似于皇宫的“八仙营”，并设置了百官曹属，“立宫室百司，为持久之计”。结果，黄巢围困陈州长达三百多天，却始终没能攻破陈州。而唐廷却不断调动军队，开始了对黄巢的围剿。