1950年蒋介石“复出”后，立即重新进行人事安排，将孙立人明升暗降，让他担任陆军总司令。他担任陆军总司令期间，只负训练之责，既没有指挥权，也没有人事权。即便这样，孙还是很卖力地尽责。然而，从这一年开始，孙周围的许多亲信开始被清理，其罪名都是“共谍”。

蒋介石对孙的第一次打压是逮捕孙所领导的女干部。孙的英文秘书黄正及其姊黄珏，这一对姊妹花第一批因“共谍”罪在6月被捕，被关了十年。

紧接着是对孙的第二次打压。孙立人设法将原国民党新一军散落在大陆的部将接到台湾。这些人当中，有享有“东方蒙哥马利”之称的李鸿，以及陈鸣人、彭克立等人。李鸿由大陆到台湾后，由孙立人陪同去见蒋介石。

见面时，蒋介石表示有意要李鸿担任陆军官校校长。没想到，才过了两三个月，李不但没有当上校长，反而以“共谍”罪被逮捕入狱，一关就是25年。其妻马贞一也受连累入狱，在狱中生下儿子李定安。

从这两件事可以看出，从1949年到1950年，台湾当局对孙立人的态度有很大转变：1949年，蒋家政权的命运依赖台湾，台湾的防卫依赖孙立人；而到了1950年，蒋家政权在台湾的地位相对稳固下来，孙立人的重要性也随之降低，蒋介石便开始解决孙的问题了。为什么会这样？据推测，孙立人由于个性耿直，时常为公事与重要官员（如蒋经国）、重要将领（如周至柔）公开争吵，对核心人物（如彭孟缉）不假辞色，而他本人又受美国青睐，这对蒋介石在台湾重新构建权力核心形成了威胁。

因此，蒋一面将孙升任陆军总司令，使其有责无权；一面将他的一些重要部下陆续送进监狱，而且都以同样的名义——“共谍”。这也是蒋介石多年来解决异己的基本方法。