5月25日，郭廷亮被捕，受到刑讯逼供。后来在他的案卷中发现，5月27日至6月1日仅五天之中就有九封自白书及询问笔录。郭廷亮在要求平反的《陈情书》中提到，他连续十天受到刑讯，无法睡眠或休息。又根据1955年监察院五人调查小组的调查日记中提到，郭廷亮在自白书上签字时，竟然连“郭”字都不会写！他们由此判断：在签字时已经意识模糊的郭廷亮，很显然遭到了严厉的刑讯。

另外还发现，郭在5月25日到6月底这段时间的口供，和7月14日以后的有很大不同。也就是说，7月14日之前，郭拒不承认是“共谍”。7月14日，保密局特勤室主任毛惕园献策，改用劝服软攻，搬出保密局局长毛人凤，先对郭予以肯定，再进一步说服，又经过大约21天，郭廷亮才终于承认为“共谍”。

郭廷亮承认“共谍”并写下自白书后，黄伯度携案卷至孙立人的官邸，交与孙阅读。孙立人知道其中有诈，态度仍旧强硬。后来黄伯度通过原副总司令贾幼慧及孙的侄子孙克刚等转达高层（其实是蒋经国等人）坚决要整顿孙立人旧属的立场。言明若孙再不主动辞职，必将株连更广。孙立人眼见已无转圜可能，乃于8月3日写信给蒋介石，表示引咎辞职。蒋介石于8月20日批准，并将孙交由国防部随时查考，以观后效。发布当天，随即又命令陈诚等人成立九人调查委员会，查明真相。

经过42天的调查，九人委员会于10月8日将《调查报告》呈给蒋介石。10月20日，当局正式公布，郭廷亮的罪行为“利用其与孙立人亲近之地位，资为掩护”，尤其是“利用孙立人所赋予，联络第四军官训练班毕业学员之任务，藉作号召，以展开其为匪作兵运之活动”；并称此种行动已经触犯《惩治叛乱条例》“以暴动窃据国土，颠覆政府，并已着手实行”。

报告意在昭告天下：当局不得不准许孙立人下台，因为确有坚实的证据，证明其有叛乱的嫌疑；而蒋介石还是宽大为怀，不予追究，仅派人看守孙的住处，随时查考而已。两个月后，即1955年12月，蒋介石还曾召见孙立人，并询问其近况，以及读些什么书。孙表示近来常阅读《曾胡治兵语录》，特别是《曾文正公家书》。蒋表示赞同。

从1956年开始，孙立人被迫在台中市向上路的住所开始了长达三十几年的幽居生活。孙立人外出，由国防部派车，国防部军情局派人做司机。另外还加派一部吉普车跟随。孙家里面，有副官常年驻扎把守；围墙之外，有军事情报局加盖的一栋三层楼的指挥中心，居高临下，随时监视孙家的一举一动；其大门对面，据说也有一幢用做监视的房屋。孙立人外出，要由副官向上申请；出国则不被允许。