年羹尧被打击的时候，隆科多也同时挨整，只是结案在后。雍正三年(1725年)五月，雍正便发动群臣谴责隆科多；当年六月，年羹尧的儿子和隆科多的儿子同时被惩。

雍正四年(1726年)正月，隆科多被派往蒙古和俄国谈判疆界问题。本来隆科多在谈判中表现强硬，但后来却发生了“玉牒”之案，导致隆科多被召回，替换他的策凌在随后的谈判中做了很大让步，在后来的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》中将贝加尔湖一带和唐努乌梁海以北地区，这些原属于当时大清帝国的领土(本是蒙古人游牧的地区)，划入了俄国的版图。这不得不说是雍正的失策。

所谓“玉牒”案，是指隆科多私藏了记载皇家宗谱的玉牒，这玩意非常之神圣，“除宗人府衙门，外人不得私看，虽有公事应看者，应具奏前往，敬捧阅看”。

由此，雍正以“大不敬”之罪开始整肃隆科多。雍正四年(1726年)十月，隆科多被定41项大罪。

雍正说，隆科多本应处斩，看在他是先帝驾崩时惟一承旨人的份上，姑且饶他不死，就将他圈禁在畅春园的附近，让他在先帝的院外闭门思过罢！

雍正六年(1728年)六月，隆科多死于禁所，雍正给他发放了丧葬费，待遇比年羹尧要强许多。如此看来，雍正似有隐情。如有隐情，隆科多则必为知情人。

所以说，隆科多的死，其实是因为他自己说不清。他说不清自己在雍正即位的过程中到底发挥了什么作用。如果说是决定性作用的话，那就更加死定了----没有那个皇帝愿意承认自己的皇位是靠某个下属得来的。