朝鲜战争爆发后，朴宪永负责策动南方党组织和民众起义，由于战争失利，南方党实力大减。朝鲜劳动党内即指责南方的劳动党在解放战争中没有做到发动人民起义配合人民军进军的计划，从而把战争失利的责任推到南方劳动党领导身上。

1953年3月，司法部长李承烨、驻中国大使全五稷、第一届最高人民议会议员金午星、韩国解放游击第十支队长孟种镐、劳动党联络部长朴胜源、劳动党联络部 长裴哲、劳动党社会部长姜文锡、内务省干部白亨福等十人被判处死刑，另有两人分别被判处15年和12年有期徒刑。当时，作为劳动党第二把手的朴宪永也不能 幸免于难，他于1955年12月15日被判处死刑。上述等人都是以“美帝国主义雇佣间谍”的名义起诉的。

朝鲜战争爆发后，金日成的朝鲜人民军突破三八线一路南下，人民军的主力是从中国归国的中国人民解放军第四野战军的两个朝鲜族师和在中国人民解放军各野战军服役的朝鲜族官兵以及从苏联归国的旅苏朝鲜侨民。

旅苏朝侨大都是坦克兵。所以金日成的陆军主力和装甲部队都极为强悍。他自己的那些游击队却不值一提。由于金日成笨拙的指挥，导致在釜山前线的人民军主力被 麦克阿瑟从仁川登陆的美军截断后路，基本被歼灭。大约11万朝鲜人民军成建制被俘虏。要不是朝鲜副帅崔庸健带领少数部队拼死扭住美军使之不能迅速北上形成 合围，金日成早就成了美军的俘虏，到美军战俘营去啃窝窝头了。

崔庸健是一位忠厚的将领，他在抗日战争时期就已经是战功卓着，当金日成随着苏军回国时，崔庸 健正在中国东北汇报工作。因为按照共产国际的决定，解散朝鲜共产党，朝鲜党员并入中国共产党，崔庸健严格遵守既定的组织程序，所以被金日成钻了空子。但即 使崔庸健先于金日成回国，这位亲华的朝鲜领袖也不能被苏军接受。

崔庸健本人没有政治野心，他一心拥戴金日成为领袖，在美军仁川登陆后又死战不撤，给金日成率残部退入朝鲜争取到了黄金般的宝贵时间。其实只要崔庸健稍一退 让，金日成必败无疑，而此时的朝鲜领袖必将是他这位次帅。由于崔庸健的崇高威望，金日成后来的清洗始终不敢动这位老帅，1970年上赶着要跟中国友好，还 得派这位老帅访华。