杨勇从朝鲜回国后，被军委主席毛泽东任命为北京军区司令员。次年10月，又担任副总参谋长兼北京军区司令员。从此他把全部身心投入到人民军队的革命化、现代化、正规化建设工作中。他一贯重视军事训练，重视培养部队英勇顽强的战斗作风。在任北京军区司令员的七年中，他抓机关整肃，七载兢兢业业换军区新颜；深入基层，走遍晋南燕北鞠躬尽瘁。杨勇组织开展的全军区群众性大比武活动，受到毛泽东等中央领导人的赞扬。从1965年初开始，杨勇又受命成为数十万北京地铁工程建设者的总指挥，为北京市的现代化建设付出了辛勤劳动。

杨勇报告主席：这伙人强行冲击军区司令部，我采取了适当防卫措施。毛泽东幽默地补了一句：“我们就把它当作一次防突袭演习吧”

1966年，正当年轻的共和国经过17年的求索、拼搏、不断地总结经验而进入了蓬勃发展的大好时期，一场令人头晕目眩史无前例的风暴席卷了华夏大地。大批从长征中走出来的将军们怎么也不会想到，他们已成了这场“风暴”的扫荡目标。

因为，枪杆子里面出政权，枪杆子也保政权，林彪副统帅说过：“我对有些大军区还总不放心，他们不听我的话，北京军区、武汉军区尤其严重……要用‘文化大革命’解决这个问题……”

生性耿直、作风正派、嫉恶如仇的杨勇司令员也确实做了几件让林副统帅很不放心的事：

60年代初，林彪刚主持军委工作的时候，曾暗示军队高级干部撰文吹捧他，一些干部迫于形势写了“颂德信”，而杨勇却写了《作战中的四个问题》交卷，冒犯了林副统帅。

1965年初，正当贺龙、罗瑞卿、杨勇他们把群众性练兵运动推向高潮时，躲在暗处窥视的林彪跳了出来，指使其妻叶群搞了一个广州军区红一连的所谓“调查”报告，全面否定这次练兵的成就。公然提出了“政治可以冲击其他”的谬论。面对这样的压力，从1月中旬到2月底，由杨勇主持召开了北京军区常委会、党委会和党代表大会，在杨勇和政委廖汉生等的坚持下，党代表大会的决议中写了：“1965年要更高地举起毛泽东思想伟大红旗，突出政治，保证生产、训练不退下来。”就是这句话，在“文化大革命”中，造反派反复批判杨勇对抗林彪指示，在北京军区以军事训练来冲击政治的所谓“一个突出，两个不退”的罪行。

1966年初召开的全军政工会议，在林彪等人的阴谋活动下，给1964年的大比武定了“方向性错误”的结论。杨勇不但没有及时反省“错误”，而且在军区会议上婉转地否定了关于大比武的结论，同时告诫下面的同志要慎重对待肃清罗瑞卿同志的所谓“错误”的运动。

不久，林彪放出风来：“其他军区的情况都了解一些，惟独北京军区的情况不了解。”这不阴不阳的话，暴露出林彪的一番用心。私下，林彪又让人劝杨勇去见他，表示一下态度。一打一拉的目的，是在逼迫杨勇就范。可是，他万万没想到，杨勇竟然对他一而再，再而三的“努力”无动于衷。