不过，在一个顺利的开局后不久，印度的反导系统研发工程很快又陷入了与印度其他武器研发工程类似的令人“迷惑”的状态。由于印度一直对于其反导系统研发保持着低调的态度，因此外界无从得知该系统研发进展的细节。但仅从印度自2006年后开展的历次反导试验看，显然该系统的研发碰到了一些障碍。在首次高层反导拦截弹试射近一年后，印度又成功完成了首次低层反导拦截弹(AAD防御导弹)的试射。然而，此后的试验进程并非加快，而是陷入了不断的拖延和重复之中。在2010年，印度原样重复了两次2007年对AAD防御导弹的试验(即拦截高度、预警雷达和靶弹完全相同)，其中还有一次遭遇了失败。不知道这次失败是否给印度的研发部门带来了心理阴影，在此后进行的8次AAD防御导弹的试验中，印度仍在原样重复2007年首次试验的各项指标，并且又遭遇了2次失败。

技术指标和研发难度较小的AAD防御导弹尚且如此，旨在执行高层导弹拦截任务的防御导弹的研发更是一波三折。在首次PAD防御导弹试验的3年后，印度进行了PAD防御导弹的第2次试射。不过，这次成功的试验并未使印度安心推进其研发工程，反而滋长了好高骛远的情绪。在这一年(2009年)，印度决定修改十年前提出的研发计划，用设计指标更高的PDV防御导弹取代已经成功试射两次的PAD防御导弹。由此，技术相对成熟的PAD防御导弹便“杳无音信”，而高层反导导弹的研制工作又被推迟了5年。直至2014年，印度才进行了PDV防御导弹的首次试验。在这次试验中，采用了新型的发动机和制导技术并将拦截范围扩大至150公里的PDV导弹，在试验中出现了拦截弹头未能引爆的异常情况，使得PDV导弹的首次试验未能成功。这次失败导致了高层反导导弹的研发又拖延了3年，直到2017年2月，PDV导弹才首次试验成功。