美国高层对大量中国留学生的看法也开始摇摆不定，他们一方面认为中国留学生心念中国，即使身在美国也无助美国利益甚至可能会带来反作用；但他们也认为如果进行意识形态输入，会让这些留学生回到中国后也成为美国利益代言者。最终在一番争论后，美国高层采用软硬兼施态度，一面提升奖学金额和扩大工作选择面，试图让中国留学生尽量留在美国为美国利益服务，而表现出向往祖国的留学生则被不断变相驱逐。最终美国决定逐步让一些从事人文或艺术学科的留学生逐步回到中国，而另一方面对理工学科，特别是涉及到核工业或高端化学、生物医学领域的留学生则被严格限制离开美国。很明显，美国开始将中国视为未来的主要对手，自然不会希望这些学科的人回到中国变相提升中国的国防科技发展。就在这种复杂的背景下，威尔逊总统号于1950年8月底抵达了洛杉矶码头，这里和旧金山一样，有大量来自亚洲的移民或留学/打工者，也是这些人前往美国中东部的始发站。

在威尔逊总统号停留美国西海岸两大城市的几天内，先后有百余名中国留学生的优秀者相继登上这艘客轮，由于受到种种限制，他们往往是辗转多方才获得了登船许可。而就在30日该船停靠洛杉矶时，著名的钱学森教授曾希望该船托运他的部分行李，但美国特工很快就在该船将其扣留，而钱学森本人试图同期转道加拿大回国时也被扣留软禁。后成为中央研究院和中科院院士的赵忠尧回忆，自己曾在1946年被派往美国学习核物理并曾观摩过美军原子弹现场测试，所以自然也被美国高层视为需要盯防的目标。就在钱学森的行李被扣留次日，赵忠尧也被美国特工搜查了个人行李，一些相关书籍和电子设备也被告知属于不可随意带走的物品最终被没收。但由于美国高层的进一步命令此时还没有传来，所以赵忠尧等人并未被取消登船资格。然而在9月12日威尔逊总统号抵达日本横滨时反常的一幕出现了，邮轮在近海抛锚停泊，这一天早上内部广播就通知赵忠尧、沈善炯（微生物和遗传领域专家）、罗时钧（空气动力学家）和鲍文奎（生物遗传学家）换房间，然而其中三人刚换完房就被美国特工连人带行李彻底扣留，特别是笔记直接被抄走，最终威尔逊总统号的乘客们惊讶得发现驻日美军宪兵立刻登船带走了他们。对赵忠尧而言不幸中的万幸是他此前省吃俭用外加国内汇款援助购买的原子加速器各部位零件最终躲过了对方的搜查，就在他们回国前不久西方多国开始在武器、稀有物资和尖端技术产品上对中国禁运，赵忠尧等人登船后为避免前功尽弃最终将加速器拆解成30箱分散到其他同学的行李中才成功过关。几天后邮轮抵达菲律宾后，鲍文奎也遇到了美国情报官员的盘查，幸亏对方看不懂他笔记上的符号，外加邮轮必须在台风抵达前启航，所以他才再次闯过一关。