1964年部院合并，准备将刘华清调任为海军副司令，但遭到李作鹏（海军副司令）和张秀川（政治部主任）反对。这样，刘华清到了六机部当部长。

1966年，林彪和聂荣臻商量后决定调他担任国防科委副主任，1967年，刘华清分管核潜艇项目。

1966年5月，军委成立了空间技术研究院，钱学森为院长，刘华清帮研究院解决了办公场地、住房等问题，还把钱学森17岁的女儿钱永真送到了科委某基地当兵，实际就是保护起来。

1969年，在聂帅安排下，刘华清离开科委，再回海军。1970年12月15日，出任海军副参谋长，分管造船工业和科研装备。

1971年5月31日，刘华清主持中国核潜艇首航，接着是鱼雷核潜艇和导弹驱逐舰等新型舰艇的定型和投产。

1974年8月1日，“长征一号”鱼雷核潜艇编入战斗序列，10月刘华清登上西沙永兴岛，以示人民海军捍卫南海之决心。

1975年，调离海军，到中科院工作，刘华清以为自己海军生涯已走到尽头。

1982年8月28日，军委任命他为海军司令员。这时刘华清已是66岁，他的内心是犹豫的。

重返海军

当时李作鹏等人虽然已被处理，但新班子里的积怨仍旧存在。

海军班子成员：

刘华清－司令员

李耀文－政委

李国宇、傅继泽、邓兆祥、聂奎聚、李景－－副司令员

方正平、吴罡－副政委

李君彦－政治部主任

李进－后勤部长

1982年9月15日刘华清上任，在后勤礼堂举行的欢迎会上，他一言不发。