至于小毛病就更多了，包括飞机的GBU-25/A航炮、弹射座椅、吸波涂料剥落、F135发动机寿命等等。美国GAO自称F-35战斗机有上万个零部件及问题需要解决，正是这些问题的存在，让F-35战斗机的可靠性直线下降，严重削弱了其作战能力。

更让人感觉惊讶的是，F-35战斗机维护由美国洛克希德·马丁公司全面负责，而不是美国空军。从某种意义上来讲，美国空军及北约空军作战能力捏在洛·马公司手里。F-35战斗机号称采用当今最先进的自主保障信息系统（ALIS），这个系统能够对飞机进行健康管理，监测系统运行，发现故障隐患，提前介入，从而提高飞机可靠性。

从实际使用情况来看，可以说理想很丰满，现实很骨感。美国空军及其他用户对它提怨声载道，他们认为ALIS系统性能并没有预想的好，不仅操作复杂，而且许多功能实现的周期比预想的时间要多得多，感觉更像是画饼。另外这个系统目前掌握在洛·马公司手里，而不是美国空军，这样就导致双方工作协调出现问题。例如有美国空军人员反映他们没有访问ALIS数据库的权限，无法获得部件的详细编码，从而导致维护工作延误。

此外ALIS还存在潜在安全问题，ALIS会在F-35战斗机飞行之中获取相关数据，然后发送到洛·马公司的服务器上面，这些信息可能会被对方截获或者泄露。因此美国空军一直希望能够自己掌握ALIS系统。