1944年8月，淮北抗日根据地领导人合影。左起：刘瑞龙、彭雪枫、邓子恢、张震、吴芝圃。

在抗日战争时期，按照党中央的要求，根据地建立了统一的抗日民主政权，地处淮北的新四军得到发展壮大。根据地政府发动和领导群众减租减息，巩固与扩大抗日民族统一战线，迅速壮大了抗日力量。为了保证军民的物质供给，淮北区党委健全了政府的财政机构，积极发展经济，发行边币，稳定金融，和法币、伪币作斗争。区党委还提倡实行开源节流，严格财经审计，杜绝贪污浪费，边区政府被群众誉为“最廉洁的政府”。刘瑞龙曾经说：“那时，我和彭雪枫同志一个铜板也要掰成两半花。”

在这段时间里，刘瑞龙创作了一批反映革命斗争生活的诗歌，著名的有收在书中的“农民歌”、“革命三字经”，“阶级化分歌”等。这些诗歌传播苏维埃政府的公告，启发劳苦大众的革命觉悟，广泛宣传党的方针政策，揭露地主豪绅残酷剥削农民的本质，号召广大农民团结起来，跟着共产党，造就“世界平等”的新社会。

解放战争时期，刘瑞龙历任华中北线后勤司令部政委、华东野战军第二副参谋长兼后勤司令、豫皖苏分局财经办事处主任、第三野战军后勤司令兼政委等职务，在苏中、涟水、鲁南、莱芜、孟良崮等战役和进军鲁西南、进军豫皖苏以及淮海、渡江、上海等重大战役中，直接指挥和组织后勤支前工作，为前方战斗提供了可靠的后勤保障。