粉碎“四人帮”后，刘瑞龙重获解放。他用诗欢呼“清除四害，大快人心”，颂扬“周邓度艰危，为国费苦心”，歌颂“四五运动起，十月换乾坤，千钧摧枯朽，‘三全’始复春”。刘瑞龙重新回到农业部工作，当选为五届政协常委和六届人大常委，以饱满的热情全力投入党的事业。作为中央整党指导委员会农林口政党工作指导小组组长，他高度负责，一丝不苟，旗帜鲜明，拨乱反正，平反了大量冤假错案。

刘瑞龙十分珍惜来之不易的工作机会，以只争朝夕的紧迫感，关注农村经济体制的改革进程。他不顾年老体弱，多次深入基层调查研究联产承包责任制、农村商品经济以及传统农业向现代化农业转化等问题，向中央和全国人大提出许多建设性意见。他亲身体会到党的改革政策给农村带来的巨大变化，他欣喜地赋诗“神州风光好，江海喜奔腾。四化责任重，战绩日日新”。

自1984年起，已是古稀之年的刘瑞龙兼任《中国大百科全书》总编辑委员会副主任和《中国农业百科全书》总编辑委员会主任，他对这两部大百科全书编纂方案、总体设计、内容规划都提出了中肯的意见。在组织专家、解决经费困难等方面，他倾注了大量的心血。《中国农业百科全书》历时16年，编撰人员达到6200多人，汇集了全国一流的学科带头人和专家学者，包括农业经济、农业历史、生物学、农业气象等共25卷，是目前世界上规模最大、内容最丰富的一部农业百科全书。令人钦佩的是，作为总编委主任的刘瑞龙，不顾年迈多病，不仅为推进全书编撰作出了重大决策，而且事必亲躬，参加各种会议，作出具体部署，对全书的成功起到了举足轻重的作用。他常常对他的子女说：“中国是一个农业大国，不了解农民，就是不了解中国。要把中国建设好，就必须发展农业，就必须做好农民的工作。”

1988年5月，78岁高龄的刘瑞龙到广州参加全国农史学会的会议。此前，刘瑞龙的心脏病已经十分严重，曾因心脏衰竭多次住院。了解他病情的同志，劝他不要到外地去，但刘瑞龙坚持要去，谁也拗不过他。到广州后，刘瑞龙没有住进本已安排好的高级宾馆，坚持要和会议代表们一起住在郊区华南农学院招待所。他不顾天气炎热，坚持参加会议的全部活动，认真听取与会代表的发言，还按照老习惯，认真地做笔记。会议快结束时，刘瑞龙抽出时间与从事农业专业的年轻学者们座谈，鼓励他们要献身祖国的农业事业，还同《中国农业百科全书》的撰稿人交换意见。5月24日，他亲笔修改会议的总结报告，一直工作到凌晨3点多钟。这种连年轻人也难以承受的工作负荷，终于引起了心脏病严重发作，由于病情危急，刘瑞龙被送到附近的大学附属医院抢救。5月25日晚上7点钟，刘瑞龙终因抢救无效，不幸溘然长逝，永远地离开了他眷恋的大地。