专案组正突击审讯时，发生了“三？？二四”事件。直接负责专案组工作的大组副组长杨成武被“打倒”了，专案组整顿思想。4月5日，检查出“右倾动摇思想”16条。下据专案人员笔记的记载，录出数条：“我们的材料不是那么多，不是把他（彭）的锐气打下去了，而是挫伤了我们的锐气。”

“外调没有好线索可查，查来查去查不出所以然来，弄出些右倾情绪。”

“4个问题现在一个也没搞完，搞他的集团问题，搞下来好说，搞不下来怎么办？”

“是搞赫给他讲了这句话就算达到目的呢，还是继续搞事实呢？”

“应再搞事实，搞什么样事实？”

“彭德怀的问题到什么程度才能结束，心中没数，现在走到哪里算哪里。”风波亭、莫须有，可见一斑。

所谓4个问题，是指要通过审讯逼彭德怀承认并按既定内容交代的“彭、高反党集团”、“里通外国”、“反党小集团”、“取而代之”的4个问题。审讯4个多月没有达到目的。

1968年3月，林彪的亲信黄永胜被任命为中央军委办事组组长。接着，黄永胜在中共第九次代表大会上当选为政治局委员，接管了专案组。对彭德怀的审讯再次加码。专案组的笔记记下了每一次审讯的情况，哨兵则被告知要记录下彭德怀被审讯后回囚室的表现。

5月7日，从下午开始到8日凌晨1时，由陈×等5人“攻他的核心问题”，审讯室内彭德怀忍无可忍，火山爆发。他怒吼、痛骂。主审人鼓动其部下的士气说：“顽抗是敌人的本性，是必然的”，“不交代不能收兵”。最后，陈×的笔记记着：“我们的目的基本实现了。”

彭德怀在半昏迷状态下回到囚室，拿出一张纸条写下：“为了革命的利益，必要时可以献出自己的生命。这是我入党誓词的最后一句，现在是时候了。”

专案组经10个月的审讯，用“莫须有”、“逼供信”的手段，制造出了一个《关于彭德怀里通外国问题的审查报告》，于9月18日定稿上报。报告中说：“1959年彭、赫在地拉那直接勾结，是有预谋的，他在同赫的谈话中，恶毒攻击党的三面红旗，露骨地向赫修表示了他的反党野心。

赫鲁晓夫对我党也大肆攻击，支持彭德怀取而代之。彭德怀供认他到国外反对毛主席是为了制造国际舆论，取得赫修集团的支持，以达到篡党篡国，夺毛主席的权，颠覆无产阶级专政，实行资本主义复辟的罪恶目的”。

1968年8月25日，彭德怀和其他“案犯”由罗道庄被转移至什坊院继续监禁。什坊院监禁点是以一座木质结构的小楼为主的小院，楼前一些低矮的平房住犯人。小楼做了办公室，正好居高临下进行监视。

从被揪以来，彭德怀忍受着红卫兵的批斗、哨兵的监视、专案组的审讯，期待着一个伟大的时刻--中国共产党第九次代表大会。他期待“九大”使党的一切回到正常的轨道上来。他熟悉政治运动、群众运动的规律，也相信毛泽东驾驭历史的能力。冲动的热浪过后，定会有冷静的总结与处理。