1939年4月18日，中共中央中原局代理书记朱理治在向中央书记处的报告中提出了处理高敬亭问题的上中下三策：1、推动他到延安学习或择地养病为上策；2、委以江北指挥部副指挥名义，部队交由其他同志带为中策；3、撤消其职务为下策。4月27日，新四军军长叶挺、军政治部副主部队由戴季英、林维先率领继续东进。

正当高敬亭率军从大别山开向抗白战场并连战连捷时，却发现国民党桂系的第五路军正源源不断地开向大别山。高敬亭立即致电军部，要求在大别山建立根据地。

而此时的王明却由左倾变成右倾投降主义，提出“一切经过统一战线”“一切服从统一战线”，他所领导的长江局却派出大批党员干部和革命青年帮助桂系军队改造基层组织，训练乡、保长，建立保甲制度，提出“帮助五路军在大别山建立根据地”的口号。高敬亭当然对此产生抵触情绪。

高敬亭参加革命后，由于长期处在恶劣的战争环境中，他没有条件学习和掌握必要的马克思主义理论，却受到张国煮极力鼓吹和推行的极左路线的影响。

在3年游击战争中，他领导的红二十八军失去同上级党组织联系后，没有建立起集体领导制度。因此，他在领导部队坚持斗争并作出重要贡献的同时，却也产生了某些错误倾向，这同他身上存在的历史局限性是具有很大关系的。

在延安，毛泽东派出曾在高敬亭手下工作过的郑位三、程启文、张体学到高敬亭的部队工作，毛泽东叮嘱郑位三等人：“你们见到高敬亭之后，切记不要唱高调，对部队中存在的问题要让他们自己去认识和总结。

千万不要用延安批判张国熹那一套去套他们，各地有各地的情况，不能用一个模式去套，你们明白我的意思吗？”1937年9月，郑位三一行来到七里坪，郑位三在欢迎大会上，代表党中央、毛泽东向红二十八军和鄂豫皖边区的人民群众表示敬意和亲切的问候，祝贺他们坚持3年游击战争取得的辉煌胜利，并报告了八路军在平型关消灭日军1000余人的胜利消息，传达了党中央关于红二十八军将要改编，并东进皖中、皖东创建敌后抗日根据地的指示，号召全军指战员继续发扬革命传统，随时准备开赴抗日前线。