项英还在路上的时候，叶挺也离开云岭去外地，走前给项英留下一封信，说“居士不适当一个大庙的方丈”。10月22日，项英回到了云岭。第二天叶挺也回到了军部。项英主动去拜访叶挺，劝他打消辞意。但叶挺去意已决，要回到已遭日本入侵的老家广东组织武装打游击。

可能是因为“不能改变现行制度”迁就叶挺，在这之后，周恩来等人并不坚持要叶挺回新四军。叶挺离职后回到广东，国民政府广东负责人余汉谋立刻委任他官职，叶挺很快拉起了一支武装。蒋介石害怕这支队伍成为第二个新四军，下令撤销对叶挺的任命。与此同时，蒋介石向中共方面表示，要另行委派新四军军长。

“一把手”仍难参与关键决策

蒋介石再派一个军长来，只会是个反共分子。延安忙致电周恩来，让他把叶挺约到重庆谈话，“要叶挺向蒋表示愿回新四军工作”。周恩来在1939年1月向中共中央书记处提出建议，把项英和叶挺在新四军委员会的职务颠倒一下，“叶正项副，项实际上为政委”。

书记处回电同意周恩来的想法，并指出项英可“多注意新四军总的领导及东南局工作，而将军事指挥与军事工作多交叶办”。周恩来告知叶挺中共中央对新四军委员会的新安排，并要同去皖南送他回工作岗位，叶挺终于同意重归新四军。

但只要叶挺和中共的实质关系没有改变，就不可能真正参与中共对新四军的关键决策。这年9月，叶挺为新四军经费和编制问题去了重庆，因为蒋介石不肯增加新四军军费，他第三次提出辞职，才换来国民政府多拨了一些经费。心绪烦乱的叶挺去了香港、澳门，明确表示不想再回新四军了。

项英派人到澳门请叶挺重新工作，叶挺返回重庆，但仍说：“我今天既不是共产党，也不是国民党，情况如此复杂，却要我担负这么大的担子，我实在干不下去了。”经过周恩来的说服，叶挺在1940年8月回到云岭。