穆斯林在全国范围内发起了激烈的抗议活动，其中西孟加拉邦穆斯林聚居地区和德里印度国立伊斯兰大学学生的抗议最为激烈和暴力。世俗主义是印度宪法的根本原则之一，但这一修正案却明确将不同宗教信仰作为“区别对待”的基础——一方面，给予印度教徒、锡克教徒、佛教徒、耆那教徒、拜火教徒和基督徒难民优惠待遇，另一方面，却将同样可能遭遇迫害的穆斯林排除在外。

虽然《公民身份法（修正案）》的实施对象是印度国土上的外国难民，与印度本国的穆斯林公民暂时无关。但是，一旦印度宪法的世俗原则遭到破坏，那么印度穆斯林无疑将面对一个更为恶劣的社会法律环境，而秉持世俗主义的政治力量也将面临来自印人党的更大压力。

因此，具有转折意义的《公民身份法（修正案）》就成了印度穆斯林和世俗主义政党必须拼死抵抗的标志性事件，这也是示威烈度不断走高的核心原因。

从表面上看，《公民身份法（修正案）》是为一部分外国难民分忧解难，并包含慈爱之心、恻隐之心的法案，但如果联系印度的社会政治大背景，就不难发现这一法案有着极为丰富的政治潜台词。

首先，《公民身份法（修正案）》完成了莫迪将印度变为“印度教徒天然家园(Natural Home)”的承诺，成功将印度教民族主义的内涵延伸覆盖到其他国家。

其次，这一法案为印度人民党将在阿萨姆的“国民身份认证制度（National Register of Citizens，NRC）推向全国奠定了制度基础。

一方面，《公民身份法（修正案）》意味着印度将不仅是“所有印度公民的祖国”，同时也是“所有印度教徒的祖国”。2014年，当莫迪第一次领衔印人党参加大选时，他曾在竞选纲领中许下承诺——印度将成为所有受迫害印度教徒的天然家园(Natural Home)。

在莫迪当选后，印度至少从周边国家接收了30000名印度教徒。虽然这些难民中的很多人甚至无法提供身份证明文件，但是印人党政府仍给予了他们允许在印度长期居留的签证。在《公民身份法（修正案）》通过以后，这些居住在印度的印度教难民不仅可以通过简化手续入籍印度，他们等待归化的最短时限也被大大压缩。