嘉靖二年（1523），日本两大家族势力各自派出一支朝贡队伍，他们在宁波为了争夺贸易主导权而发生武力冲突，最终导致宁波市舶司关闭。结果，走私贸易更加猖獗，随后还兴起大规模的海上走私集团。

为了对付官方，他们配备有武装。由于这种武装走私集团的贸易对象是日本商人，因此被明朝官方称为“倭寇”。

樊树志研究“倭寇”问题已有多年。他阅读”倭患”亲历者、嘉兴人李日华和太仓人王士骐留下的文章发现，所谓“倭寇”其实就是被逼得走投无路的海商，海禁断绝了他们的生计，使祸乱更加严重。而当时内阁大学士徐阶的话尤其值得注意。

徐阶在一次奏对时说，他过去以为沿海海盗是真的倭寇，经过详细调查才知道，大部分海盗头领都是福建、浙江的中国人，真正的倭寇可能只有十分之三，而且还是受中国人的雇佣和指挥。

“传统上，我们把倭寇简单定义为‘骚扰中国沿海一带的日本海盗’，这种看法和历史真相是存在距离的。

所谓‘嘉靖大倭寇’，日本人的数量实际是很少，大部分是中国的走私贸易者。出现的根源是政府实行严厉的海禁政策，沿海民众海上贸易生路被遏制，只好由商转为寇。”樊树志说。

嘉靖时对倭患有过几次军事围剿，但并不起作用。变堵为疏，开放海禁是大势所趋。隆庆元年（1567），终于开放海禁，准许私人出海到东、西二洋进行贸易。

樊树志认为，“海禁——朝贡”体制的突破对晚明社会影响极大，是具有划时代意义的大变局，显示了晚明对外开放的胸襟。

随后，西班牙、葡萄牙和荷兰这些原本与中国并没有朝贡关系的国家，也加入到中国对外贸易队伍，它们把中国优质的商品销往全世界，中国由此进入全球化轨道。