塔利班成立时只有800多人，由于有巴基斯坦、沙特等国的支持，发展壮大很快，战场上也节节胜利，在1996年9月攻占阿富汗首都喀布尔，并成立临时政府，次年建立了阿富汗伊斯兰酋长国。

1998年，塔利班的领导人奥马尔娶了基地组织领导人本·拉登的女儿，两人结成了联盟，这也给后来的塔利班带来了灾难。2001年，本·拉登领导的基地组织策划了9·11事件，美国雷霆震怒，以反恐之名入侵了阿富汗，塔利班领导人奥马尔与基地组织领导人本·拉登分别都逃到了巴基斯坦北部边境的山区，塔利班和基地组织则长期活跃在巴阿边境地区。

在这个过程中，塔利班就出现了分裂，留在阿富汗境内的塔利班依然追求夺取政权，而留在巴基斯坦发展的塔利班则与基地组织合作并逐渐发展为恐怖组织。随着时间推移，阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班在理念和路线上都不断分化，双方彼此依然有来往，但不再是一个组织。

塔利班与巴基斯坦政府结怨是因为巴基斯坦帮助美国推翻了塔利班政权。其实，当时巴基斯坦也只有配合，如果不配合，美国会连巴基斯坦与阿富汗一起打。更何况，中国当时也支持美国在阿富汗反恐，所以巴基斯坦没有选择，只能配合美国。如此一来，巴基斯坦与塔利班之间既有合作，也有仇怨，尤其是后来巴基斯坦塔利班总是制造恐怖事件，这更让巴基斯坦非常不满。