原市场部总裁毛生江，曾是随任正非一同创业的元老，在辞职再竞业的考核中，被降职为终端事业部经理；就连“功勋”人物，华为技术主管郑宝用，也因考核不合格，被下放到后勤部门。曾被任正非看好的研发新星李一男，则被贬至下属公司任职。此事也是李一男与大批华为员工，后来自立门户的重要因素之一。经过激烈的竞争上岗程序，许多业绩不达标或者难以跟上公司发展的员工被淘汰，更多有冲劲，有能力的员工被提拔到管理岗位。

孙亚芳又通过引进IBM的咨询公司，为华为量身定制了选、育、用、留四个人才体系模块，华为从上到下焕然一新。孙亚芳虽使出一记“狠招”，她却并非不近人情的管理者。面对那些被辞退的员工，孙亚芳再次与任正非交涉，华为最后掏出10亿元作为相关人员的赔偿金。这笔赔偿费用远高于普通企业的标准，基本能保障那些离去后的老员工衣食无忧。那是孙亚芳的第一次辞职，也是华为内部“浴火重生”的里程碑事件。

事后，任正非评论道：“经过这次内部调整，华为发展步伐迅速加快，负责人事的孙亚芳手里也有了充裕资金招募新鲜血液。”1999年，华为一口气从全国招了2000名毕业生，同时在全国重点理工高校放出豪言：“工科硕士全要，本科前十名也全要！”当时，华为招聘人员还混进国内排名前十的理工高校男生宿舍，见到正打游戏的男生，就悄悄问：“同学，找到工作了么？”

2000年，全国城镇职工月平均工资是780元；华为招进来的本科生月薪为5000元，硕士生是8800元，此外还有数万到数十万不等的分红。同在深圳的富士康，老板郭台铭开会时抱怨：“华为的任正非，公司就在隔邻。我们很多同事都辞职去华为，能拿到两倍的薪水。”郭台铭话音刚落，辞职的员工更多了。随后两年，已升为集团董事长的孙亚芳也让许多下属感受到她的厉害。

有次会议上，她询问某部门的负责人是否看过一份相关报告？对方含糊回应，应该看过了。孙亚芳大为光火，批评道：“不能是应该，有就是有，没有就是没有！”那位负责人被当众训得面红耳赤，下不来台。任正非听到这个消息，哈哈一笑，说：“你们这下知道孙总厉害了吧！”笑归笑，任正非心里其实正憋着一肚子“火”。6

2003年后，全球IT产业受金融危机影响，整体效益下滑，华为也受波及，营收出现首次下滑。同时，美国思科副总裁还专程来中国，指控华为盗取思科部分源代码，要求华为停止销售并赔偿。彼时，中国刚刚入世，对知识产权方面的指控十分敏感。任正非面临世界巨头指控，营收下滑，以及昔日爱徒李一男背叛的复杂局面，情绪十分沮丧。