在美苏签订START条约后，AGM-86B导弹中的一部分被改为常规导弹，以符合条约对空射和弹头数量之规定。美国前后分两批改造了约500枚AGM-86导弹用于常规任务。

AGM-86C是从AGM-86B基础上改装来的巡航导弹，该导弹的弹头从不到500公斤的核弹头改为908公斤的常规弹头，因此射程也从2400公里降低为1100公里左右。为了适应常规弹头作战需要，该导弹的增加了GPS和目标图像匹配引导技术，提高了打击精度。

此后美军又在AGM-86C基础上研制了AGM-86D，将其战斗部改为约500公斤的穿透型战斗部，以便攻击敌方机堡之类的加固目标，该型导弹的射程也有所增加。

2007年，为了确保空军战略轰炸机继续拥有核攻击能力，美国空军在决定将AGM-129隐身巡航导弹退役的同时，改变原来将核攻击型AGM-86全部退役的计划，而是保留500枚AGM-86——最后保留的528枚核攻击型巡航导弹全部部署到北达科他州米诺特空军基地，其余导弹全部销毁。

AGM-129隐身巡航导弹虽然具备高度的隐身能力，但维护保养困难，且可靠性不高，价格高昂，最终在2012年全部退役。

当时美军计划让经过中期升级的AGM-86导弹服役到2020年——但此后因为后续型号开发迟迟得不到批准，又决定将其服役年限再延长到2030年。