同年5月3日，一个印度牧羊人通知当地政府，他看到了一些似乎是越境入侵的行为。但奇怪的是，印度军方和情报机构并未重视这次和其他几次来自当地人的警告，从而让伊斯兰堡在当地站稳了脚跟。

巴基斯坦的进攻动用了大约2000名士兵，他们占领了印度领土内一块长达62英里，深达6英里的土地。

这是一次大规模的入侵，印度军队不得不呼叫空中支援来把入侵者从他们占领的制高点赶走。但空军的介入也发生了延误：陆军花了很长时间才向空军传递了情报，这反过来延缓了空军反应的速度。

这次冲突结束后，印度成立了卡吉尔冲突审查委员会（Kargil Review Committee），审查冲突的起因和印度做出的反应。其审查结果之一是没有“组织机制负责在（情报）机构和各层级情报使用者之间进行协调或以目标为导向进行互动”，也没有“向各个机构分配任务的机制，并负责监督他们的表现，审查他们的记录，以评估他们的工作质量。”

这一审查结果导致印度又成立了两个新的情报机关：国防情报局（Defence Intelligence Agency）和国家技术研究组织（National Technical Research Organisation），以协调各机构之间的关系。

然而，卡吉尔冲突报告中指出的一个核心问题至今仍未得到解决：需要一个严格的中心整合机构来协调处理情报调查结果，并能适应通常是快速发展的危机形势，迅速向决策者出具得出统一结论的情报报告。（英国联合情报委员会和美国国家情报总监办公室就是这一中心机构的实例。）印度缺少这样一个中心机构将导致各机构间信息交流不畅，决策者无法获得经过妥善处理（评估并结合具体形势）的情报，各机构也无法有效协调配合来及时应对新出现的威胁。

一个支离破碎的印度情报系统似乎为中国提供了一个关键的时间窗口，使中国能够从一开始就向发生冲突的拉达克地区调遣军队。