冠状病毒的复制也需要病毒蛋白酶的作用。洛匹那韦/利托那韦等针对HIV的蛋白酶抑制剂如果也能和冠状病毒蛋白酶结合从而抑制其正常功能，则可发挥抗冠状病毒作用。前期体外研究表明，洛匹那韦/利托那韦能够抑制MERS-CoV以及SARS-CoV的复制。SARS疫情爆发时，中国香港学者使用克力芝联合利巴韦林治疗了41名SARS病患，发现相对于111名单用利巴韦林治疗的患者，联合治疗的患者在症状出现后21天发生急性呼吸窘迫综合征（ARDS）或死亡等不良事件的风险更低（2.4% vs 28.8%）。一项名为MIRACLE的临床研究正在进行，旨在评估克力芝联合IFN-β是否确实有效，能否改善MERS-CoV患者的临床结局。

Remdesivir

Remdesivir（RDV，GS-5734）是吉利德（Gilead）公司研发的一款新型核苷类似物抗病毒药。核苷类似物可以通过抑制病毒核酸合成而发挥抗病毒治疗效果。RDV目前主要是作为埃博拉病毒的试验药物正在进行相关研究，其在体外具有很强的抗丝状病毒效果，目前已经完成III期临床试验。2016年《柳叶刀》杂志报告了一例埃博拉患者病例，这名来自苏格兰的39岁护士在人道主义工作时不幸被感染，因脑膜炎接受住院治疗，其脑脊液中发现了埃博拉病毒，她在接受RDV的试验性治疗14天后，脑脊液中的病毒水平缓慢下降到无法检测，最终康复。随后研究发现，RDV不仅对埃博拉病毒这类的丝状病毒有效，对于呼吸道合胞病毒、冠状病毒、尼帕病毒（Nipah virus）、亨德拉病毒（Hendra virus）也有抑制效果。

通过对人肺上皮细胞进行冠状病毒培养，发现RDV具有强效的抗病毒疗效，对于MERS-CoV和SARS-CoV，其半数有效浓度（EC50）均为0.07μM，相比之下，克力芝对于MERS-CoV和SARS-CoV的EC50值分别为8μM和17μM。动物实验表明，预防性和早期使用RDV能够明显降低SARS-CoV、MERS-CoV感染小鼠的肺组织病毒载量水平，同时改善肺功能、缓解症状。进一步的研究发现，与克力芝联合IFN-β相比，RDV在体外细胞培养以及动物实验中的表现都要更优，并且是唯一能够改善肺组织病理损伤的治疗药物。