22岁的郑芝龙可谓少年得志，他不仅继承了颜思齐在台湾开创的拓垦大业，势力也不断壮大；又继承了华商领袖李旦的部分海商事业，成为当时海上最大的武装集团的头领，领导数万人开始了亦商亦盗的海上生涯。但郑芝龙对此并不满足，他要开创自己的海上帝国。

面对海上出现的大海盗，明朝廷当然不能容忍，多次围剿甚至联合荷兰人一起围歼郑芝龙集团，但又打不过，于是就招降郑芝龙，但态度仍极其豪横，让郑芝龙必须上缴所有战船兵器，并替朝廷打击其他海盗势力！

郑芝龙自然不愿意自缚手脚，但他明白要想有更好的发展，必须依靠明朝这棵大树，在合适时候接受招安。

于是在反朝廷围剿的同时， 郑芝龙禁止部下穷追明军和劫掠百姓。明军的围剿，不仅没能打击到郑芝龙，反而使郑芝龙集团的势力越来越强，明朝廷无可奈何，只好接受招降了郑芝龙。

1633年，郑芝龙于福建沿海金门海战击溃荷兰东印度公司舰队，声名大振。1639年，郑芝龙又消灭了海上巨盗刘香，剪除了海上群雄，各股海上武装集团李魁奇、杨六、杨七、钟斌等均被郑芝龙收编，纳人地方官府体制，郑芝龙完全取得了制海权，并借朝廷的名义合法掌控了明朝的对外贸易。

崇祯十二年(1639)，日本退出了东亚海洋竞争。荷兰殖民者不得已与郑芝龙达成了海上航行与贸易协议，规定荷兰对日本的贸易，都需要经过郑芝龙的批准才能将特产运到台 湾，由荷兰转手运往日本出售。此时的郑芝龙牛气哄哄，成为东方海洋世界的唯一强权。

崇祯十三年((1640)，明朝廷报升郑芝龙为福建总兵，转都督同知。此时郑芝龙的买卖也越做越大，通商范围广及东洋、南洋各地：大泥、浡尼、占城、吕宋、魍港、北港、大员、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、巴达维亚、麻六甲、柬埔寨、暹罗。郑芝龙的船舶常年穿行于日本和吕宋、巴达维亚等东南亚各地。