国仇家恨，促使郑成功毅然起兵反清。郑芝龙的许多部下原来降清的意向并不明朗，他们见郑芝龙被清廷哄骗入京遭遇软禁，郑家降清而未能保全家眷、祖坟，知道降清不过如此待遇，一齐心灰意冷，以后都成为追随郑成功的坚定的拥明抗清派。而清廷对郑氏的错误行为使平定东南的战事延续了数十年，这是他们始料未及的。

此后郑成功高举反清复明的大旗，收编郑芝龙当年余部，力量迅速壮大，成为恢复明室的重要力量。

顺治九年(1652)，郑芝龙以三族性命为担保，再次出面招抚郑成功。郑成功在回信中说：“从来父亲都是教儿子忠于明朝故国，没有听说教儿子做投降的贰臣的。……万一父亲你遭遇不幸，这也是天意、命运，儿子我只有穿上孝衣为你们复仇，以达到忠孝两全的结局。”显然，郑成功已经看到了郑芝龙最后的惨局。

顺治十八年(1661)顺治帝驾崩。郑成功收复了台 湾。清朝廷以郑芝龙为人质、引诱郑成功投降的计划完全落空，再也没有利用价值。十月，辅政大臣苏克萨哈矫诏以“通敌”之罪，将郑芝龙连同他的儿子郑世恩、郑世荫、郑世袭等十余人，斩首于北京柴市，郑芝龙在北京的全族老少无一遗留。

郑芝龙原本已经成为手握重权的闽粤与台湾地方实力派，为求得一个清朝“闽粤总督“的高官，实现他内心不现实的借清廷维持他海上帝国的美梦，他不顾民族大义，屈膝卖国求荣，结果却印证了他的儿子郑成功反对他降清的远见和冷静。

郑成功与其父截然不同，他是一位抗清民族英雄，坚持民族气节，拒绝清廷高官厚禄的诱惑，坚持艰苦卓绝的抗清斗争达17年之久。他统率的军队曾大举北伐，攻入长江、克镇江、围南京，震惊全国，成为抗清的重要力量和光辉榜样。郑成功从荷兰殖民者手中收复了祖国的宝岛台 湾，成为彪炳史册的民族英雄。

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