按照两国在上世纪70年代签署的协议，双方可以平等地使用赫尔曼德河的水资源。但在具体的实施过程中，双方其实一直摩擦不断。在阿前政府时代，两国就因卡迈勒·汗水坝的问题争吵不休，伊朗方面担心，阿方会利用这一处于上游位置的水坝，控制下游的水流量。

而在当前阶段，双方的矛盾也与下游水流量有关。按照伊朗有关部门的统计，在2022年之中，伊方通过赫尔曼德河获得的供水，减少了400万立方米。德黑兰方面指责阿塔当局没有按照协议正常供水，塔利班方面则坚称，下游缺水是气候原因造成的，自己没有控制供水。

除了当前最为严重的水资源纠纷，阿塔当局与伊朗方面在反恐、边境管理、难民等问题上也是矛盾重重。因为边境管理的问题，双方在2021年也曾爆发过边境冲突。

反恐问题更是阻碍阿临时政府获得国际承认的一大难题。阿塔虽然夺取了政权，控制了阿大部分地区，但阿境内局势依旧复杂，巴塔、“伊斯兰国-呼罗珊分支”等恐怖主义势力，仍在阿境内活动，并以阿富汗为基地，向周边渗透，巴基斯坦、中国等阿邻国已多次就这一问题发声，要求阿塔兑现自己的反恐承诺。

伊朗方面也早已对此提起警惕，今年4月时，伊朗便向两国边境调遣了一批装甲部队，摆出了要展开跨境反恐行动的姿态。

还有一点便是，作为什叶派领袖的伊朗与属于逊尼派的阿塔，在宗教上存在分歧。阿塔早年对哈扎拉人等阿境内什叶派族群的打压，就曾引起德黑兰方面的不满。

虽然阿塔在此次掌权后，也一改此前对国内什叶派的强硬姿态，积极与哈扎拉人等族群改善关系，但谁也无法保证，伊阿两国未来不会因宗教问题爆发争端。

在这一背景下，伊朗在与阿塔展开沟通的同时，也没有切断与阿国内的其他势力的联系。此前就有消息称，伊朗外交人员私下接触了小马苏德领导的阿国内反塔利班阵营。