1949年，山西太原解放前夕，阎锡山为了逃命到达南京投奔蒋介石，并且打算跟随对方离开大陆，去往台湾。而阎慧卿也打算与哥哥一起离开。就在阎锡山飞往南京之前，阎慧卿代替哥哥暂管山西内地事务。

但这种局面也没有能坚持很长时间，不久之后，她就失去了对山西的控制。她还没来得及逃往南方与哥哥会和，就被解放军的队伍所包围。因为阎锡山的所作所为，她也被扣上了反动的帽子，从而接受处置。

1949年4月，当人民解放军围攻太原时，阎慧卿在给哥哥发完最后的诀别电报之后，便与情人计划自杀。4月24日，两人最终迫于形势而服毒自尽，两人都没有能够跟随阎锡山去往南方。

虽然妹妹自杀了，但她的死也让阎锡山当作可以利用的工具，更是成为一种政治资本。为了获得蒋介石的信任，维持自己的政治生命，阎锡山根据妹妹生前最后的电报编制了一份五百人的名单，继续为自己谋取利益。

蒋介石在南方最终也没有坚持很长时间，逃亡台湾时，身边跟随着的人员中就有阎锡山。阎锡山逃到了台湾之后，在他的余生中再也没有回到他在山西的家乡，也没有能见到妹妹最后一眼，甚至是遗体都未能见到。

解放军抓不到阎锡山，只能处置了他的妹妹。比阎锡山小27岁的阎慧卿，在生前被哥哥当成亲生女儿一样对待，但结局却是远离家人，孤苦一人却被埋在太原郊区外的乱葬岗中。与之后再未能回到家乡的哥哥相比，虽然后者下场也不怎么好，但阎慧卿下场更加凄凉。

实际上，她的所作所为并没有对别人造成实质性的伤害，平时只是负责哥哥的生活起居，很少参与政治上的活动，而且一般不与人往来。与阎锡山比起来，可以算是为恶甚少了。

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