不过，“昭穆相建”的规矩并没有被严格遵守。道光帝的陵寝原本应该建在东陵，但陵已经修好，逝世的皇后已经入葬那里，却发现陵寝漏水。于是道光拆了东陵的陵寝，改在西陵重新修建自己的慕陵。

按照清朝皇帝陵寝择址的制度，光绪本应和咸丰一样安葬于东陵。那样就会出现他和慈禧这对“冤家”比邻长眠的局面。但现实情况是，慈禧葬于东陵，而光绪葬于西陵。

这一次破坏“昭穆相建”规矩的是慈禧。同治是慈禧的亲生儿子，也是咸丰唯一的儿子。也许是不愿与儿子分开，慈禧把青年暴亡的同治帝的陵寝安排在东陵，确定陵名为惠陵。于是，光绪只能在西陵为陵寝选址。

关于光绪葬地的选择，多半认为是直到他驾崩后，才由新登基的宣统皇帝溥仪之父、醇亲王载沣，派人在西陵界内找了一块叫金龙峪的地方，兴建陵寝。但清西陵文物管理处的资料显示，光绪十三年(1887年)时，光绪帝就已经为自己选好了位于金龙峪的墓地，许多史料确认光绪皇帝生前拜谒西陵和选定万年吉地的史实。

据传说，金龙峪此前的名字叫绝龙峪。为光绪陵寝选址的堪舆人员看中了这里的风水，但“绝龙”二字太不吉利，遂把这里改成九龙峪。碰巧的是，光绪皇帝是清入主中原第九代“真龙天子”，联系到此地的前名，“九龙至此，绝无后续”，更不吉利了。王公大臣再三商讨，最后定名为金龙峪。

“万年吉地”虽然选好，但光绪帝没有实权，修不修光绪陵全由慈禧说了算。于是，直到慈禧死后，清王朝统治时期的最后一座皇帝陵寝才得以开工。

邢宏伟介绍，光绪的崇陵是1909年溥仪登基后才开始修，同时修建的还有崇妃陵。光绪的一后二妃，此时只有珍妃已逝。隆裕皇后还在世，给刚登基的宣统垂帘听政，死后要与光绪合葬。瑾妃也在世，崇妃陵不但有珍妃墓，也是将来瑾妃的安葬之地。

皇陵工程浩大，晚清又国力羸弱，光绪的崇陵迁延日久。直到1912年，光绪的皇后、已升格为皇太后的隆裕替宣统发布退位诏书，满清的封建统治宣告终结，崇陵和崇妃陵的基础工程尚未过半。满清政府一倒，1912年整个工程又停工了一年。