后来朱元璋登基做了皇帝，马皇后也没有忘记曾经的风餐露宿，勤俭持家，粗衣粗茶，平常穿的衣服，洗了又洗，早已破旧不堪，也不愿换新的。此外，在后宫架起织布机，亲自织些绸衣料、缎被面等，并以皇家名义赐给那些年纪大的孤寡老人。而剩余的布料，则裁成衣裳，赐给王妃公主，并解释说：“你们生长在富贵家庭，不知纺织的难处，要爱惜财物。”

马秀英虽贵为皇后，每天仍亲自操办朱元璋膳食，连皇子皇孙的饭食穿戴，也亲自过问，无微不至宫人或被幸得孕，马皇后倍加体恤，嫔妃或忤上意，她则设法从中调停，也设法保护宫女，朱元璋曾经非常生气地责备宫人，马皇后也假装生气，让人送到宫正司定罪。

由于朱元璋崛起于布衣，马上夺天下，脾气暴躁，杀伐果断，在前殿处理事情，有时非常生气，等回到后宫，马秀英常常依据事理委婉地劝阻，许多大臣得意减免刑罚。

此外，马皇后非常爱惜人才。一次朱元璋视察太学回来，她问太学有多少学生，得知数千人，便说：“数千太学生，可谓人才济济。可是太学生虽有生活补贴，他们妻子儿女靠什么生活呢？”征得朱元璋同意，征集一笔钱粮，设置20多个红仓，专门储粮供养太学生的妻子儿女，生徒颂德不已。

有一天，马秀英问：“如今天下老百姓生活安定吗？”朱元璋说：“这不是你应该问的。”马皇后说：“陛下您是天下人的父亲，我有幸能成为天下人的母亲，孩子的安定与否，我怎么可以不问！”每遇灾年，她率领宫人吃粗茶淡饭，帮助百姓祈祷。

朱元璋有时把赈灾救济之事告诉她，她则言：“赈灾救济不如事先有积蓄好。”有时大臣上奏完事情，在宫廷中聚餐，她则命令宦官拿来酒菜自己事先尝一尝。味道不好，于是就告诉朱元璋说：“作为人主奉养自己应该差一些，奉养别人应该丰厚。”朱元璋为此整顿了光禄寺官员。